En ballonskipper er føreren (skipperen) over et fartøj, der bruger en ballon som opdrift. Ballonskippere har blandt andet medvirket i tv-julekalenderen Nissebanden i Grønland, hvor nisserne flyver til Grønland fra Holme-Olstrup i en luftballon.
For at uddanne sig til ballonskipper, skal man gennemgå en uddannelse som ballonskipper. Uddannelsen består af en praktisk og en teoretisk del, og den afsluttes med en 30 minutters eksamination.