Museets første samlinger blev opbygget af Manchester Society of Natural History, som blev grundlagt i 1821 ved købet af samlingen efter John Leigh Philips. Selskabet oprettede et museum i Peter Street, Manchester, på en grund som senere blev optaget af Young Men's Christian Association, i 1835. I 1850 blev samlingerne fra Manchester Geological Society (grundlagt 1838) tilføjet. I 1860'erne oplevede begge selskaber økonomiske vanskeligheder, og efter råd fra evolutionsbiologen Thomas Huxley overtog Owens College (nu University of Manchester) ansvaret for samlingerne i 1867. Museet i Peter Street blev solgt i 1875, efter at Owens College var flyttet til nye bygninger på Oxford Street.
Det tidligere tandlægehospital.
Kollegiet gav Alfred Waterhouse, arkitekten bag Londons Natural History Museum, til opgave at tegne et museum til samlingerne til gavn for både studerende og offentligheden på en grund ved Oxford Road (dengang Oxford Street). Manchester Museum åbnede for offentligheden i 1888. På dette tidspunkt lå kollegiets naturvidenskabelige afdelinger umiddelbart ved siden af, og de studerende gik direkte ind i udstillingssalene fra deres undervisningslokaler i Beyer-bygningen.
To senere udvidelser afspejler udviklingen af museets samlinger. Pavillonen fra 1912 blev i vid udstrækning finansieret af Jesse Haworth, en tekstilhandler, for at huse de arkæologiske og egyptologiske samlinger, som var blevet erhvervet gennem udgravninger, han havde støttet. Udvidelsen fra 1927 blev opført til de etnografiske samlinger. Den nygotiske facade mod gaden, som fortsætter til Whitworth Hall, er blevet elegant integreret af tre generationer af Waterhouse-familien. Da det nærliggende University Dental Hospital of Manchester flyttede til en ny placering, blev den gamle bygning anvendt til undervisning og senere overtaget af museet.
Manchester Museum lukkede midlertidigt den 29. august 2021 på grund af en omfattende ombygning. I denne periode gennemgik museet den afsluttende fase af et renoveringsprogram til en værdi af £13,5 mio. Det renoverede museum omfatter en tilbygning i to etager og nye gallerier, herunder en stor udstillingshal, Belonging Gallery, Lee Kai Hung Chinese Culture Gallery og South Asia Gallery. South Asia Gallery er et samarbejde med British Museum og bliver det første permanente udstillingsområde i Storbritannien, der er dedikeret til fortællingerne, erfaringerne og bidragene fra sydasiatiske samfund.
Museet genåbnede den 18. februar 2023 og tiltrak 52.000 besøgende i løbet af den første uge efter genåbningen.
↑McKechnie, H. M., ed. Manchester in Nineteen Hundred and Fifteen. Manchester: University Press; p. 51
↑Thompson, Joseph (1886) The Owens College: its Foundation and Growth. Manchester: J. E. Cornish; pp.282–86
↑Charlton, H. B. (1951) Portrait of a University. Manchester: U. P.; chap. V
↑Hartwell, Clare; Hyde, Matthew; Pevsner, Nikolaus (2004). The Buildings of England: Lancashire: Manchester and the South-East. New Haven: Yale University Press. s.428-429. ISBN0-300-10583-5.
