Et hovedtema i hans arbejde er spørgsmålet om den menneskelige natur og menneskets drivkraft. Bl.a. undersøges, siger han:
Det fænomen, jeg kalder livet selv, og som er en livsudfoldelse, der har sit udspring i en anden form for kraft end viljestyrken, nemlig en mere anonym form for kraft – knyttet til livsmod og livsglæde, en kraft der gør os åbne og selvforglemmende optaget af verden og de andre, og som ligger bag ved de to drivkræfter i mennesket som jeg kalder trangen til selvudfoldelse og trangen til selvhengivelse.
Sigtet er livsfilosofisk, og temaer som meningsfuldhed og det gode liv behandles.
Pahuus knytter ofte an til litteraturen og har skrevet flere livsfilosofiske forfatterskabsanalyser, bl.a. om Karen Blixen og J.P. Jacobsen.
Han har ligeledes arbejdet med anvendt og praksisnær filosofi og har således skrevet bidrag til lærebøger til pædagog- og sygeplejerskestudierne.
Desuden dækker hans arbejde felter som etik, politisk filosofi, humanistisk videnskabsteori, religionsfilosofi og grafisk kunst.
Bibliografi (udvalgte titler)
Gemzøe, A. & Pahuus, M. (2019). Kai Munks digtning og livssyn, 1 udg. Aalborg Universitetsforlag.
Pahuus, M. (2018). Dialog med Løgstrup: Løgstrups fænomenologi, 1 udg. Aalborg Universitetsforlag.
Pahuus, M. (2017). Povl Christensen: Grafiker og illustrator, 1 udg. Aalborg: Aalborg Universitetsforlag.
Pahuus, M. (2016). Eksistens og natur: Det dobbeltsidige menneske og dets livsverden, 1 udg. Aarhus: Aarhus Universitetsforlag.
Pahuus, M. (2015). Længsel, 1 udg. Forlaget Mindspace.
Pahuus, M. (2008). Distance og involverethed: et tema i eksistenstænkning og eksistensdigtning. Aalborg Universitetsforlag. (Dialektika-serien).
Pahuus, M. (1998). Det gode liv: indføring i livsfilosofi. København: Gyldendal.
Pahuus, M. (1995). Holdning og spontanitet: pædagogik, menneskesyn og værdier. In: Aarhus: KvaN. 3. oplag (2000).
Pahuus, M. (1995). Selvudfoldelse og selvhengivelse: livssynet hos Henrik Ibsen og Henrik Pontoppidan. Aalborg Universitetsforlag.
Pahuus, M. (1993). Den enkelte og de andre: om at være sig selv uden at være sig selv nok. København: Gyldendal.
Pahuus, M. (1993). Livet selv: en livsfilosofisk tolkning af kristendommen. Aarhus: Philosophia.
Pahuus, M. (1988). Naturen og den menneskelige natur - en filosofisk og litterær analyse af mennesket i naturen og naturen i mennesket. Århus: Philosophia.
Pahuus, M. (1975). Filosofisk Antropologi. København: Berlingske Leksikonbibliotek.