Handling
Tre år efter smuglerforsøget i Rio de Janeiro opdrager Blu og Jewel deres tre børn, Carla, Tiago og Bia. I mellemtiden er Blus ejer Linda og hendes mand Túlio på en ekspedition i Amazonas, og efter at være faldet ned ad et vandfald, opdager de en spixara, da en fjer flyder ned mod dem. Da ordene om mødet udsendes på tv, mener Jewel, der mener, at Carla, Tiago og Bia er ved at blive for tamme, at de burde tage til Amazonas for at hjælpe med at finde de andre blå araer. Mens børnene er ekstatiske, er Blu usikker, men bliver presset til at tage med. Deres bedste venner Rafael, Nico og Pedro beslutter sig også for at tage med for at spejde efter talenter til Karnivalen.
Big Boss, lederen af en gruppe illegale skovhuggere, opdager Linda og Túlios ekspedition for at finde araerne og beordrer sine håndlangere til at jage dem. I mellemtiden planlægger Blu og Jewels gamle fjende Nigel, som ikke længere kan flyve, at hævne sig på Blu sammen med sine nye kammerater, en myresluger ved navn Charlie og en pilegiftfrø ved navn Gabi, som er forelsket i ham. Efter at være ankommet til junglen bliver Blu, hans familie og deres venner taget til en flok blå araer, der gemmer sig i et ukendt område af Amazonas. Der genforenes Jewel med sin for længst forsvundne far, Eduardo, sin tante Mimi og sin barndomsven Roberto. Eduardo virker i starten uimponeret over Blu, men takker ham for at have bragt Jewel hjem. Efter at have mistet deres tidligere levested på grund af brandstiftelse fra skovhuggerne, mistror Eduardo mennesker og afviser Blus forslag om at afsløre reservatet for Linda og Túlio for at sikre deres beskyttelse.
Mens de leder efter araerne, bliver Linda og Túlio fanget af skovhuggerne. I mellemtiden gør Blu sit bedste for at passe ind i flokken, ligesom hans familie gør, men hans fortsatte afhængighed af de værktøjer, han medbragte, forhindrer ham i at få kontakt med nogen. I endnu et forsøg på at komme tættere på ham vinder en forklædt Nigel et talentshow for at blive performer til et karnevalsshow, som Rafael, Pedro, Nico og Carla er værter for. Da Blu forsøger at plukke en brasiliansk nød til Jewel, placerer han den ved et uheld i spixaraens fjenders territorium, de lyserøde araer, anført af den fjendtlige Felipe. Blu forårsager uforvarende en krig om mad mellem de to stammer, da han ved et uheld slår Felipe med en gren. Krigen viser sig at være en fodboldkamp, men Blu koster flokken deres territorium, da han ved et uheld scorer på sit holds selvmål.
Efter et ophedet skænderi med Jewel beslutter Blu at efterlade Linda og sine menneskelige rødder bag sig for sin families skyld, men efter at have været vidne til skovhuggernes ødelæggelse af skoven vender han tilbage og samler flokken og genforener sig med Jewel. Med Blus viden om menneskelig teknologi og hjælp fra de lyserøde araer sætter flokken, sammen med resten af jungledyrene, skovhuggernes maskineri ud af spillet. I kaoset støder Eduardo på en traktor, men bliver reddet af Linda og Túlio. Big Boss forsøger at sprænge træerne i luften med dynamit, men Blu forhindrer ham. Nigel griber ind og lader Big Boss blive spist levende af en anakonda. Nigel vil have Blu for sig selv og angriber ham. Mens Gabi forsøger at hjælpe, skyder hun ved et uheld Nigel med en pindsvinepig fyldt med hendes gift, men Bia afslører, at hun faktisk er en løvfrø. En overlykkelig Gabi kvæler Nigel med hengivenhed og slæber ham væk, mens Charlie forlader flokken.
Med flokken under Linda og Túlios beskyttelse beslutter Blu og Jewel sig for at bo i Amazonas med deres børn, selvom de beslutter sig for at tilbringe deres somre i Rio. Eduardo dropper sin anti-menneskelige holdning og accepterer stolt Blu i flokken, Charlie beslutter sig for at blive i Amazonas, bulldoggen Luiz ankommer endelig til Amazonas, og Nigel og Gabi sendes til Rio for at studere.
Tilladt for alle, men frarådes børn under 7 år
