Die aktuelle föderale Struktur der ärztlichen Selbstverwaltung entstand nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs. Ende 1945 hatten in allen drei westlichen Besatzungszonen regionale Ärztekammern ihre Arbeit wieder aufgenommen. Die erste Landesärztekammer als Körperschaft des öffentlichen Rechts wurde 1946 in Bayern gegründet. Den Abschluss dieser Entwicklung in Westdeutschland bildete die Gründung der Ärztekammer Berlin.
Aufnahme in den Weltärztebund
Unter ihrer engen Verbindung mit dem NS-Regime hatte das internationale Ansehen der deutschen Ärzteschaft stark gelitten. Am 2. November 1946 entsandten die Vorsitzenden der westdeutschen Ärztekammern auf Initiative von Carl Oelemann zur Beobachtung des Nürnberger Ärzteprozesses eine Kommission, die 1947 einen Zwischenbericht verabschiedete. Dieser wurde 1949 als Abschlussbericht mit dem Titel Wissenschaft ohne Menschlichkeit. Medizinische und Eugenische Irrwege unter Diktatur, Bürokratie und Krieg publiziert, mit Alexander Mitscherlich und Fred Mielke als Herausgebern. Nach dieser publizistischen Distanzierung von den Zielen und Praktiken der NS-Ärzte wurde 1951 die Aufnahme der westdeutschen Ärztevertreter in den Weltärztebund möglich.
Margarete Mitscherlich-Nielsen zitiert in einem Beitrag von 1999 aus den Ärztlichen Mitteilungen von 1950, wo Hans Neuffer in seinem Artikel zum Weltärztebund die Auffassung vertrat, dass mit der Aufnahme der deutschen Ärzteschaft auf der Grundlage dieser Dokumentation ein „endgültiger Schlußstrich unter die Vergangenheit der letzten Jahre“ gezogen werden könne. 1960 erschien Medizin ohne Menschlichkeit erstmals in einer Taschenbuchausgabe, nachdem die Ausgabe von 1949 bis auf einige hundert Exemplare aus dem Verkehr gezogen worden war, so dass gut 10.000 Exemplare nicht wie vorgesehen an die Mitglieder der Arbeitsgemeinschaft der Westdeutschen Ärztekammern verteilt werden konnten. Für die Ausgabe von 1960 hatte die Bundesärztekammer zwar auf Anfrage von Mitscherlich ihr Vorwort aus der Ausgabe von 1949 freigegeben, Mitscherlich verzichtete aber darauf, weil er diese Stellungnahme von 1949 „im Hinblick auf eine Aufarbeitung als unzureichend empfand“. In seinem Vorwort zum Nachdruck 1977 resümiert Mitscherlich die Publikationsabsicht rückblickend auf die Situation 30 Jahre zuvor: „Damals stand in Frage, ob es gelingen würde, den Ärzteprozeß auf die Ebene individueller Kriminalakte herabzudrücken. Wir haben das Unsere dazu getan, solchen vereinfachenden Auffassungen entgegenzuwirken.“
Die Bezeichnung „Bundesärztekammer“ wurde seit 1955 geführt, zunächst noch mit dem Zusatz „(Arbeitsgemeinschaft der Westdeutschen Ärztekammern)“. Nach der Wiedervereinigung wurde die Bezeichnung in „Bundesärztekammer (Arbeitsgemeinschaft der Deutschen Ärztekammern)“ geändert.
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