Die Einheit wurde 1982 als Agrupamiento de Escuadrones Especiales Cobras oder kurz AEECO gegründet, entstand aber aus einem Team, welches bereits 1979 entstanden ist. 1996 wurde die Einheit umbenannt in Comando de Operaciones Especiales Cobra oder kurz C.O.E.C.O oder COECO.
Am 16. Januar 2014 gingen die COECO gegen eine Gang namens Al Qaeda (nicht zu verwechseln mit der Terrororganisation Al-Kaida) in La Fraternidad, Tegucigalpa vor. Sie verhafteten fünf Erwachsene und zwei Minderjährige Mitglieder der Gang.
Im Jahr 2017, als es in Honduras wegen der Präsidentschafts- und ParlamentswahlenProteste und Ausgangssperren gab, weigerte sich die COBRA, zusammen mit anderen Polizisten, die öffentliche Ordnung wieder herzustellen oder gegen die Demonstranten vorzugehen.
Im Februar 2023 nahm der japanische Influencer und PolizistShin Fujiyama an einem COBRA-Auswahlverfahren teil und wurde zum Ehrenmitglied ernannt.
Zum 1. Januar 2018 wurde die Einheit aufgelöst. Ihre Aufgabe sollte die TIGRES übernehmen. Zum 14. September 2022 wurde die Einheit wieder gegründet mit 107Mitgliedern, darunter vier Frauen. Bei der Neugründung wurde sie der Dirección Nacional de Fuerzas Especiales (DNFE) unterstellt.