Chemistry Development Kit
| Chemistry Development Kit | |
|---|---|
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| Basisdaten | |
| Entwickler | Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter |
| Aktuelle Version | 2.14.1 (10. November 2026) |
| Betriebssystem | Plattformunabhängig |
| Programmiersprache | Java |
| Kategorie | Chemoinformatik |
| Lizenz | GNU LGPL |
| deutschsprachig | nein |
| cdk.github.io | |
Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.
Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben. Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2D und 3D) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden. Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt. Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.
Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS), die statistische Programmiersprache R, die Statistik-Software KNIME, Apache Taverna und Bioclipse eingebunden werden. Zudem verwendet die OCR-Lösung DECIMER, PaDEL zur Berechnung molekularer Deskriptoren und das Chromatographiedatensystem OpenChrom intern das CDK.
Literatur
- Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, doi:10.1021/ci025584y.
Weblinks
Einzelnachweise
- ↑ Release 2.14.1. 10. November 2026 (abgerufen am 11. November 2026).
- ↑ In: Recent Developments of the Chemistry Development Kit (CDK) - An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics.
- ↑ Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck: The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching. In: Journal of Cheminformatics. Band 9, Nr. 1, 2017, ISSN 1758-2946, S. 33, doi:10.1186/s13321-017-0220-4, PMID 29086040.
- ↑ Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
- ↑ M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
- ↑ O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
- ↑ Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
- ↑ Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
- ↑ Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
- ↑ Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
- ↑ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L. Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 8, Nr. 1, 22. Februar 2007, ISSN 1471-2105, S. 59, doi:10.1186/1471-2105-8-59, PMID 17316423, PMC 1808478 (freier Volltext).
- ↑ Egon Willighagen, Marc Teunis, Alyanne De Haan: The Chemistry Development Kit in 2024: improving cheminformatics research. In: Research Ideas and Outcomes. Band 10, 17. April 2024, S. e124884, doi:10.3897/rio.10.e124884.