Die genomische Struktur der Epsilonretroviren ist unter den Retroviren einzigartig, weil sie upstream von Gag einen ORF besitzen, der als Orf-C bezeichnet wird. Außerdem sind sie die einzigen bekannten Retroviren, die eine Histidyl-tRNA als für das Priming zum Start der DNA-Synthese des ersten Stranges verwenden. Ein weiterer ORF, Orf-A, codiert für ein retrovirales Cyclin, die bisher auch nur bei Epsilonretroviren gefunden wurden.
