Die Zerstörer waren nur truppendienstlich dem F.d.Z. unterstellt, operativ jedoch örtlichen Seebefehlshabern oder der jeweiligen operativen Führungsstelle.
Mit Auflösung des Kommandos des Führers der Torpedoboote am 20. April 1942 wurden dem F.d.Z. auch die Torpedobootsflottillen unterstellt.
Das Kommando wurde am 29. Mai 1945 einschließlich des Stabes aufgelöst.
Gliederung
1. Zerstörerflottille (im April 1940 aufgelöst, dann die Zerstörer zur 5. Zerstörerflottille)
2. Zerstörerflottille (im Mai 1940 aufgelöst, dann die Zerstörer zur 6. Zerstörerflottille)
3. Zerstörerflottille (fast vollständig vernichtet und im April 1940 aufgelöst, lediglich Z 20 zur 6. Zerstörerflottille)
4. Zerstörerflottille (fast vollständig vernichtet und im April 1940 aufgelöst, lediglich Z 10 zur 6. Zerstörerflottille, im Oktober 1942 neu aufgestellt)
12Wolfgang Harnack: Die deutschen Flottentorpedoboote von 1942 bis 1945. Verlag E.S. Mittler & Sohn, Hamburg/Berlin/Bonn 2004, ISBN 3-8132-0825-7, S. 32
↑laut Harnack: Die deutschen Flottentorpedoboote von 1942 bis 1945., S. 32, seit 1. Juni 1940
↑Auflistung nach Wolfgang Harnack: Die deutschen Flottentorpedoboote von 1942 bis 1945. Verlag E.S. Mittler & Sohn, Hamburg/Berlin/Bonn 2004, ISBN 3-8132-0825-7, S. 33