Die Flottenabteilung war eine Kommandobehörde der Reichsmarine und später der Kriegsmarine, welche dem Marinekommandoamt und dem Admiralquartiermeister der Seekriegsleitung unterstellt war.
Infolge des verlorenen Ersten Weltkriegs und des Versailler Vertrages wurde die Kaiserliche Marine, nunmehr als Vorläufige Reichsmarine bezeichnet, erheblich reduziert. Als Ersatz für den aufgelösten Admiralstab und das Reichsmarineamt wurde ab 26. März 1919 vorübergehend wieder die Admiralität eingerichtet, die am 15. September 1920 in Marineleitung umbenannt wurde. In der Marineleitung wurde das Marinekommandoamt (A) als eines von fünf Ämtern aufgebaut. Das Marinekommandoamt bestand anfangs aus der Marinewehrabteilung (A I) und der Flottenabteilung (A II).
Die Flottenabteilung hatte im Rahmen der Marine die Aufgaben bzgl. taktischer und strategischer Angelegenheiten, die Waffenverwendung festzulegen, der militärischen Forderungen an die Seestreitkräfte und die Küstenverteidigung, dem Nachrichtenwesen vorzunehmen und war verantwortlich für Luftschutzangelegenheiten.
Ab Oktober 1933 hatte die Flottenabteilung neben den Themen Operation und Taktik u. a. die Verwendung der See- und Seeluftstreitkräfte festzulegen, Kriegsspiele und Manöver vorzubereiten.
Das Marinekommandoamt wurde im Oktober 1933 umgegliedert und die Flottenabteilung (A II) wurde zur Flottenabteilung (A I). In der Folge wurde die Flottenabteilung (A I) Ende August 1936 zur Operationsabteilung (A I). Nachdem im Oktober 1937 die Operationsabteilung (A I) ausgegliedert worden war und zur Seekriegsleitung als 1/Skl gekommen war, ging auch die Bedeutung des Marinekommandoamtes zurück.
Im März 1938 wurde im Marinekommandoamt die Flottenabteilung (A V) geschaffen. Im Juli 1939 wurde die Flottenabteilung (A V) zur Verstärkung des Amtes Kriegsschiffbau (K) herangezogen und wurde erst wieder im Admiralquartiermeister (Skl/AdmQu) eingerichtet.
Im Februar 1944 wurden die restliche Kommandoamtsgruppe (Qu A 1), bis dahin unter Konteradmiral Hans Mirow, zur Flottenabteilung (Qu I) zusammengelegt, welche bis Kriegsende bestand.
1922
1930
Flottenabteilung (A II)
Flottenabteilung (A I)/Operationsabteilung (A I) von 1933 bis Oktober 1937
Flottenabteilung (A V) von März 1938 bis Juli 1939
Flottenabteilung (Qu I) ab Februar 1944