Der Fritz-Pregl-Preis (Eigenschreibung: Fritz Pregl-Preis) war eine Auszeichnung, die zwischen 1931 und 2006 von der Österreichischen Akademie der Wissenschaften aus dem Vermögen des Nobelpreisträgers Fritz Pregl an einen österreichischen Wissenschaftler verliehen wurde. Prämiert wurde eine wissenschaftliche Arbeit, deren Durchführung und Vollendung nur durch meisterhafte Beherrschung der „Methoden der Mikrochemie“ möglich war.
Die Preisvergabe musste letztlich aufgrund der finanziellen Situation der Stiftung eingestellt werden.
Es gibt auch eine Fritz-Pregl-Medaille der Österreichischen Gesellschaft für Analytische Chemie.