Neben der Korrespondententätigkeit hat sie mehrere Reportagen und umfangreiche Recherchen zur Geschichte nachrichtendienstlicher Aktivitäten veröffentlicht, darunter 1989 Gespräche mit Guerilla-Führern in Argentinien, Bolivien, Chile und Uruguay, 2004 über Daimler-Benz und die Argentinien-Connection und 2005 ein Theaterstück über Adolf Eichmann und die Atomforschung in Argentinien. Die Recherchen zu diesem Thema führten zu umfangreichen Korrespondenzen und Berichten über die noch immer gesperrten nachrichtendienstlichen Archivalien der Bundesregierung. Nach einer Entscheidung des Bundesverwaltungsgerichts müssen die vom Bundeskanzleramt als Aufsichtsbehörde gesperrten Archivbestände jedoch überwiegend freigegeben werden.
Rezeption
René Martens befand in der Jüdischen Allgemeinen zu ihrem DLF-Feature Die Entführungslegende oder: Wie kam Eichmann nach Jerusalem? aus dem Jahr 2011, dass sie ins „Nirvana der Verschwörungstheorien ab[gedriftet]“ sei. Ein vorangegangener Beitrag von ihr zum Thema in der Zeitung Junge Welt ist Martens Ansicht nach beim Neonazi-Portal Altermedia wohlgefällig aufgenommen worden, da darin Israel unterstellt wird, ihm sei Eichmanns angebliche Mitwisserschaft am israelischen Atomprogramm wichtiger als seine Rolle im Holocaust.
„Wir wissen relativ viel über die Art und Weise, wie Eichmann gesucht wurde, und auch über die Umstände seiner Ergreifung. […] Derart viele Zeugenaussagen stehen Webers Spekulationen entgegen, dass ich diese als Historiker nicht besonders ernst nehme.“
In ihrem 2012 erschienenen Buch Eichmann wurde noch gebraucht hält es Weber für wahrscheinlich, dass die Entführung Adolf Eichmanns nach Israel durch den Mossad lediglich vom Bekanntwerden geheimer unterirdischer Atomtests der USA in Argentinien ablenken sollte, die 1960 aufgrund des Erdbebens von Valdivia bekannt zu werden drohten. In den Medien stieß Webers neue Ablenkungsthese überwiegend auf Kritik; Rainer Blasius bezeichnete die Autorin in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung als „Verschwörungstheoretikerin“, der Historiker Sven Felix Kellerhoff sprach von einem „Musterbeispiel dafür, wie Verschwörungstheorien funktionieren“. Der Philosoph Bernhard Taureck dagegen bezeichnete Webers Recherchen als gründlich und ihre These als „begründete Vermutungen“.
2015 Alternativer Medienpreis in der Sparte Audio für Mercedes-Benz Argentina – Rechtsweg ausgeschlossen.
Bücher
Das Gehirnwäscheprogramm der CIA. Libertäre Assoziation, Hamburg 1981, ISBN 3-922611-06-0.
`Krauts' erobern die Welt. Der deutsche Imperialismus in Südamerika. Libertäre Assoziation, Hamburg 1982, ISBN 978-3-922611-31-8.
Die Guerilla zieht Bilanz: lateinamerikanische Guerilla-Führer sprechen über Fehler, Strategie und Konzeption – Gespräche, aufgezeichnet in Argentinien, Bolivien, Chile und Uruguay. Focus, Gießen 1989, ISBN 3-88349-375-9.
Besichtigung der Hinterhöfe. Reportagen über die Geschäfte der Schweizer Multis in Afrika, Asien und Lateinamerika. Mit einem Vorwort von Jean Ziegler. Rotpunktverlag, Zürich 1989, ISBN 3-85869-057-0.
Die Verschwundenen von Mercedes-Benz. Assoziation A, Berlin 2001, ISBN 978-3-922611-92-9.
Daimler-Benz und die Argentinien-Connection. Von Rattenlinien und Nazigeldern. Assoziation A, Berlin 2004, ISBN 3-935936-33-8.
Chatting with Sokrates. Dialog um Öl, Atom und Eichmann · Ein Theaterstück. Die Buchmacherei, Berlin 2008, ISBN 978-3-00-025223-5.
Eichmann wurde noch gebraucht. Der Massenmörder und der Kalte Krieg. Das Neue Berlin, Berlin 2012, ISBN 978-3-360-02138-0.
↑Bernhard Taureck:Gaby Weber: Eichmann wurde noch gebraucht.(PDF)Der Massenmörder und der Kalte Krieg.In:Die Buchkritik.SWR2,26.September 2012,archiviertvomOriginal(nicht mehr online verfügbar);abgerufen am 8.April 2014.