Geplafuvirales

Geplafuvirales
Gereinigtes Maize streak virus (MSV), (Geminiviridae). Maßstab 50 nm.
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Floreoviria Reich: Shotokuvirae Phylum: Cressdnaviricota Klasse: Repensiviricetes Ordnung: Geplafuvirales
Taxonomische Merkmale
Genom: (+/-)ssDNA zirkulär Baltimore: Gruppe 2 Symmetrie: ikosaedrisch/dimer-ikosaedrisch Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Geplafuvirales
Links
ICTV Taxon History: 202007375 NCBI Taxonomy: 2732539

Geplafuvirales ist die einzige Ordnung von Viren in der Klasse Repensiviricetes des Phylums der CRESS-DNA-Viren Cressdnaviricota. Zur Ordnung gehören neben isolierten Virusstämmen auch per Metagenomik erfasste (und hinreichend vollständige) Contigs (englisch auch metagenome-assembled genomes, MAGs genannt) aus der Verwandtschaft der Familie Geminiviridae, beispielsweise die Familie Genomoviridae.

Die Phylogenie der CRESS-DNA-Viren zeigt (mit Stand April 2019) zwei große Kladen, von denen die erste die Familien Geminiviridae, Genomoviridae und die (bisher taxonomisch nicht erfasste) Gruppe der CRESSV6-Viren umfasst. Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) ist dem 2019er Vorschlag gefolgt und hat diese erste Klade als Ordnung Geplafuvirales offiziell bestätigt.

Beschreibung

Wie bei allen CRESS-DNA-Viren kodiert das Genom der Geplafuvirales für ein Replikations-Initiations-Protein (Rep oder REP) und ein Kapsidprotein (Cap, CAP oder CP).

Gemeinsames und kennzeichnendes Merkmal des REP der Geplafuvirales ist das sog. GRS-Motiv (en. Geminivirus Rep Sequence), das sich zwischen den Motiven II und III befindet und in der anderen Großklade der CRESS-DNA-Viren nicht vorkommt. Dieses Motiv ermöglicht vermutlich die räumliche Anordnung der Motive II und III im REP. Im Übrigen fehlt den Geminiviridae und Genomoviridae, nicht aber CRESSV6, der Argininfinger im Helikasemotiv.

Etymologie

Die Namen der Klasse und Ordnung leiten sich entsprechend dem Vorschlag an das ICTV von 2019 wie folgt her:

• Repensiviricetes ist ein Portmanteau (Kofferwort), zusammengesetzt aus Rep-encoding single strand und der Endung -viricetes für Virusklassen.
• Geplafuvirales ist zusammengesetzt aus ge- für Gemini-/Genomo-, pla- für Pflanzen (en. plants) und fu- für Pilze (lat. fungi), -virales ist die Endung für Virusordnungen.

Systematik

Mit Stand Juni 2024 hat die Ordnung folgende Zusammensetzung:

Ordnung Geplafuvirales

• Familie Geminiviridae

• Familie Genomoviridae

• Familie Geplanaviridae (früher provisorisch CRESSV6-Viren, englisch CRESSV6 viruses) alias „CRESS6“ (Vorschlag, mit provisorischen Namen)
  • Gattung Acciovirus
  • Gattung Aguamentivirus
  • Gattung Alohovirus
  • Gattung Aparevirus
  • Gattung Avadavirus
  • Gattung Densaugvirus
  • Gattung Diffindovirus
  • Gattung Engorgivirus
  • Gattung Episkevirus
  • Gattung Expellivirus
  • Gattung Impedivirus
  • Gattung Lumovirus
  • Gattung Oblivivirus
  • Gattung Patrovirus
  • Gattung Protegovirus
  • Gattung Riddikuvirus
  • Gattung Stupevirus
  • Gattung Wingardivirus

• Familie „CRESS-Rec2“ (Vorschlag, mit provisorischem Namen)
• ohne Familienzuordnung
  • Gattung „Nepavirus“ (offenbar teilw. verschrieben als „Nimivirus“)
    • Spezies „Nepal gemini-like virus“ (NepaV)

Einzelnachweise

1. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1 (Memento des Originals vom 24. September 2021 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
2. ↑ Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses, abgerufen am 22. Juni 2021 (englisch). 
3. 1 2 3 4 5 6 Mart Krupovic, Arvind Varsani, Jens H. Kuhn, D. Kazlauskas, M. Breitbart, E. Delwart, K. Rosario, N. Yutin, Y. I. Wolf, B. Harrach, F. M. Zerbini, V. V. Dolja, E. V. Koonin: Create 1 new phylum (Cressdnaviricota) including 2 classes and 6 orders for classification of CRESS-DNA viruses, Vorschlag 2019.012DA.v1.Cressdnaviricota (ZIP von docx und xlsx); April 2019
4. ↑ Tara E. Nash, Mary B. Dallas, Maria Ines Reyes, Gregory K. Buhrman, J. Trinidad Ascencio-Ibañez, Linda Hanley-Bowdoin: Functional analysis of a novel motif conserved across geminivirus Rep proteins. In: J Virol, Band 85, S. 1182–1192; doi:10.1128/JVI.02143-10, PMC 3020519 (freier Volltext), PMID 21084480 (englisch).
5. ↑ Arvind Varsani, Mart Krupovic: Sequence-based taxonomic framework for the classification of uncultured single-stranded DNA viruses of the family Genomoviridae, in: Virus Evol. Band 3, Nr. 1, Januar 2017, vew037; doi:10.1093/ve/vew037, PMC 5399927 (freier Volltext), PMID 28458911 (englisch).
6. 1 2 3 Hiroto Kaneko, Morgan Gaia, Rodrigo Hernández-Velázquez, Patrick Forterre, Curtis A. Suttle, Hiroyuki Ogata et al.: Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean, in: iScience, Band 24, Nr. 1, 22. Januar 2021, 102002, doi: 10.1016/j.isci.2020.102002, PMC 7811142 (freier Volltext), PMID 33490910; siehe Fig. 1(C).
7. ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
8. ↑ Arvind Varsani, S. Kraberger, A.Hopkins, Mart Krupovic: Establishing one new family, associated genera and species in the order Geplafuvirales. Proposal 2023.020D vom April 2023. Bestätigt am 30. April 2024 (englisch).
9. ↑ Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Mart Krupovic: Pervasive Chimerism in the Replication-Associated Proteins of Uncultured Single-Stranded DNA Viruses, in: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 4, Special Issue Viral Recombination: Ecology, Evolution and Pathogenesis, 10. April 2018, 187, doi:10.3390/v10040187 (englisch); siehe auch Fig. S1 in Supplement S1 (ZIP: pdf, xlsx).
10. ↑ Lele Zhao, Karyna Rosario, Mya Breitbart, Siobain Duffy: Chapter Three - Eukaryotic Circular Rep-Encoding Single-Stranded DNA (CRESS DNA) Viruses: Ubiquitous Viruses With Small Genomes and a Diverse Host Range, in: Advances in Virus Research, Band 103, 2019, S. 71–133, doi:10.1016/bs.aivir.2018.10.001, Epub 5. Dezember 2018. Insbes. siehe Fig. 3
11. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Nepavirus; Nucleotide: Nepavirus isolate NepaV, complete genome, Accession: JQ898333.