Haldanes Regel ist eine von J. B. S. Haldane 1922 publizierte Beobachtung, dass, wenn bei Arthybriden ein Geschlecht nicht vorkommt, seltener ist oder häufiger steril ist, es dann das heterogametische Geschlecht ist (das mit zwei verschiedenen Geschlechtschromosomen). Diese Beobachtung lässt sich in verschiedenen Tiergruppen, wie Säugetieren, Vögeln, Schmetterlingen und Drosophila nachweisen. Da bei Säugern und Drosophila-Fliegen das heterogametische Geschlecht das männliche ist (XY-Chromosomen), bei Vögeln und Schmetterlingen jedoch das weibliche (WZ-Chromosomen) und Haldanes Regel jeweils passt, muss die Ursache bei den Gonosomen liegen.
Die Ursache für diese Beobachtung ist noch nicht vollkommen geklärt; möglicherweise gibt es auch mehrere. Es gibt verschiedene Theorien, die als Erklärung herangezogen werden.