Indivirus

„Indivirus“
Systematik
Klassifikation:	Viren
Realm:	Varidnaviria
Reich:	Bamfordvirae
Phylum:	Nucleocytoviricota
Klasse:	Megaviricetes
Ordnung:	Imitervirales
Unterordnung:	Orthomivirineae
Familie:	Mimiviridae
Unterfamilie:	Klosneuvirinae
Gattung:	„Indivirus“
Art:	„Indivirus ILV1“
Taxonomische Merkmale
Genom:	dsDNA
Baltimore:	Gruppe 1
Wissenschaftlicher Name
	„Indivirus“
Kurzbezeichnung
	IndV / ILV1
Links
NCBI Taxonomy:	1977632 (Gattung),; 1977633 (Spezies)

„Indivirus“ (IndV) ist eine vorgeschlagene Gattung von Riesenviren im Phylum Nucleocytoviricota (früher Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV), Familie Mimiviridae, Unterfamilie Klosneuvirinae, mit nur einer Spezies, „Indivirus ILV1“. Wie alle diese Riesenviren haben sie ein Genom aus einer doppelsträngigen DNA (dsDNA). Die Gattung wurde bei der Analyse von Metagenomproben aus Bodensedimenten von Ablagerungen in der Kläranlage in Klosterneuburg nahe bei Wien, Österreich, gefunden. Zusammen mit „Indivirus“ wurden dort von Schulz et al. 2017 drei weitere identifizierte Virusgattungen vorgeschlagen: „Klosneuvirus“, „Catovirus“ und „Hokovirus“, die allesamt taxonomisch als Klosneuviren (Unterfamilie „Klosneuvirinae“) klassifiziert werden.

Genom

„Indivirus ILV1“ hat ein Genom von 861.511 Basenpaaren (bp) und kodiert vorhergesagt 744 Proteine (bei 660 Genfamilien), das ist das kleinste Genom unter den genannten Klosneuviren. Der GC-Gehalt beträgt niedrige 26,6 %.

Indivirus ILV1, Isolat Indivirus_1, hat (ähnlich wie Hokovirus HKV1, Isolat Hokovirus_3) eine Gensequenz (Hokovirus_3_276), die dem V12-Gen des Virophagen Sputnik ähnelt.

Wirte

Die Metagenomanalyse der ribosomalen 18S-rRNA zeigte weiter, dass ihre Wirte einfachen Cercozoa (zumindest) nahestehen.

Systematik

Mit Stand 6. Mai 2023 ist die Gattung „Indivirus“ noch nicht vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigt (Master Species List #38).

Phylogenien der Klosneuviren, die die Gattung „Indvirus“ bzw. die Spezies „Indivirus ILV1“ einschließen, finden sich beispielsweise bei Disa Bäckström et al. (2019), Fig. 3, oder unter Klosneuvirinae §Systematik: Kladogramm.

Weblinks

Mitch Leslie: Giant viruses found in Austrian sewage fuel debate over potential fourth domain of life. In: Science, 5. April 2017; doi:10.1126/science.aal1005.
Fund im Abwasser – Forscher entdecken vier neue Riesenviren. Spiegel Online, 7. April 2017.
Christine N. Palermo, Roberta R. Fulthorpe, Rosemary Saati, Steven M. Short: Metagenomic analysis of virus diversity and relative abundance in a eutrophic freshwater harbour. bioRxiv, 5. Juli 2019; doi:10.1101/690891, bioRxiv: 2019/07/05/690891 (Preprint-Volltext)
Vincent Racaniello: Forget the fourth domain of life. virology blog, 6. April 2017.
Julien Andreani, Jacques Y. B. Khalil, Emeline Baptiste, Issam Hasni, Caroline Michelle, Didier Raoult, Anthony Levasseur, Bernard La Scola: Orpheovirus IHUMI-LCC2: A New Virus among the Giant Viruses. In: Front Microbiol., Band 8, 22. Januar 2017, S. 2643; doi:10.3389/fmicb.2017.02643, PMC 5786535 (freier Volltext), PMID 29403444.

Einzelnachweise

1 2 3 4 5 ICTV Master Species List 2019.v1. (Memento des Originals vom 2. August 2022 im Internet Archive) Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2 ICTV, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
1 2 3 ICTV: Master Species Lists § ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx), 8. April 2023.
↑ Frank O. Aylward, Jônatas S. Abrahão, Corina P. D. Brussaard C, Matthias G. Fischer, Mohammad Moniruzzaman, Hiroyuki Ogata, Curtis A. Suttle: Create 3 new families, 3 subfamilies, 13 genera, and 20 new species within the order Imitervirales (phylum Nucleocytoviricota) and rename two existing species (zip:docx). Vorschlag 2022.004F an das ICTV vom Oktober 2021.
↑ Indivirus (Gattung). NCBI Taxonomy Browser; abgerufen am 20. August 2019.
↑ Indivirus ILV1 (Species). NCBI; abgerufen am 20. August 2019.
1 2 3 Frederik Schulz, Natalya Yutin, Natalia N. Ivanova, Davi R. Ortega, Tae Kwon Lee, Julia Vierheilig, Holger Daims, Matthias Horn, Michael Wagner: Giant viruses with an expanded complement of translation system components. In: Science. 356. Jahrgang, Nr. 6333, 7. April 2017, ISSN 0036-8075, S. 82–85, doi:10.1126/science.aal4657 (englisch, sciencemag.org).
↑ David M. Needham, Susumu Yoshizawa, Toshiaki Hosaka, Camille Poirier, Chang Jae Choi, Elisabeth Hehenberger, Nicholas A. T. Irwin, Susanne Wilken, Cheuk-Man Yung, Charles Bachy, Rika Kurihara, Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Tomomi Kimura-Someya, Guy Leonard, Rex R. Malmstrom, Daniel R. Mende, Daniel K. Olson, Yuki Sudo, Sebastian Sudek, Thomas A. Richards, Edward F. DeLong, Patrick J. Keeling, Alyson E. Santoro, Mikako Shirouzu, Wataru Iwasaki, Alexandra Z. Worden: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators. In: PNAS, 23. September 2019, ISSN 0027-8424; doi:10.1073/pnas.1907517116, inklusive Supplement 1 (xlsx).
↑ NCBI Nucleotide: Indivirus ILV1 Indivirus_1 genomic sequence. accession: KY684085.
↑ Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen, Jennah Dharamshi, Felix Homa, Katarzyna Zaremba-Niedwiedzka, Anja Spang, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Thijs J. G. Ettema: Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism. In: mBio, Band 10, Nr. 2, 2019; doi:10.1128/mBio.02497-18.

[ICTV_MSL#35-1] 1 2 3 4 5 ICTV Master Species List 2019.v1. (Memento des Originals vom 2. August 2022 im Internet Archive) Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2 ICTV, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)

[ICTV_MSL#38-2] 1 2 3 ICTV: Master Species Lists § ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx), 8. April 2023.

[Aylward2021-3] Frank O. Aylward, Jônatas S. Abrahão, Corina P. D. Brussaard C, Matthias G. Fischer, Mohammad Moniruzzaman, Hiroyuki Ogata, Curtis A. Suttle: Create 3 new families, 3 subfamilies, 13 genera, and 20 new species within the order Imitervirales (phylum Nucleocytoviricota) and rename two existing species (zip:docx). Vorschlag 2022.004F an das ICTV vom Oktober 2021.

[NCBI_ILV-4] Indivirus (Gattung). NCBI Taxonomy Browser; abgerufen am 20. August 2019.

[5] Indivirus ILV1 (Species). NCBI; abgerufen am 20. August 2019.

[Schulz2017-6] 1 2 3 Frederik Schulz, Natalya Yutin, Natalia N. Ivanova, Davi R. Ortega, Tae Kwon Lee, Julia Vierheilig, Holger Daims, Matthias Horn, Michael Wagner: Giant viruses with an expanded complement of translation system components. In: Science. 356. Jahrgang, Nr. 6333, 7. April 2017, ISSN 0036-8075, S. 82–85, doi:10.1126/science.aal4657 (englisch, sciencemag.org).

[NeedhamWorden2019S1-7] David M. Needham, Susumu Yoshizawa, Toshiaki Hosaka, Camille Poirier, Chang Jae Choi, Elisabeth Hehenberger, Nicholas A. T. Irwin, Susanne Wilken, Cheuk-Man Yung, Charles Bachy, Rika Kurihara, Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Tomomi Kimura-Someya, Guy Leonard, Rex R. Malmstrom, Daniel R. Mende, Daniel K. Olson, Yuki Sudo, Sebastian Sudek, Thomas A. Richards, Edward F. DeLong, Patrick J. Keeling, Alyson E. Santoro, Mikako Shirouzu, Wataru Iwasaki, Alexandra Z. Worden: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators. In: PNAS, 23. September 2019, ISSN 0027-8424; doi:10.1073/pnas.1907517116, inklusive Supplement 1 (xlsx).

[8] NCBI Nucleotide: Indivirus ILV1 Indivirus_1 genomic sequence. accession: KY684085.

[Bäckström2019-9] Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen, Jennah Dharamshi, Felix Homa, Katarzyna Zaremba-Niedwiedzka, Anja Spang, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Thijs J. G. Ettema: Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism. In: mBio, Band 10, Nr. 2, 2019; doi:10.1128/mBio.02497-18.