Batiste wurde in eine Musikerfamilie geboren, zu der u.a. auch Harold Battiste und Lionel Batiste gehörten. Die HBO-Serie Treme basiert in Teilen auf der Geschichte der Familie. Batiste selbst hatte in der Serie ebenfalls einen Auftritt und spielte sich selbst. Er besuchte die Juilliard School, an der er Masterabschlüsse in Jazz und klassischer Klaviermusik erwarb.
Batiste leitet die Musikgruppe Stay Human, die er mit seinen Studienkollegen Phil Kuehn und Joe Saylor gegründet hatte. Er wurde als musikalischer Leiter der Late Show with Stephen Colbert bekannt und war in der Sendung vereinzelt auch als Sidekick aktiv. 2012 wurde er stellvertretender künstlerischer Leiter des National Jazz Museum in Harlem. Seit 2017 ist er außerdem Music Director beim Magazin The Atlantic. Im Mai 2017 erhielt er wie auch George Wein den Ehrendoktor der Salve Regina University.
Im März 2022 erhielt Batiste bei den Grammy Awards 2022 fünf Grammys und wurde damit zum meistausgezeichneten Künstler der Verleihung. Er war zuvor mit elf Grammy-Nominierungen der meistnominierte Künstler jener Veranstaltung gewesen. Einen Monat zuvor hatte er Suleika Jaouad geheiratet, die an Leukämie erkrankt war und vor einer Knochenmarktransplantation stand. 2022 wurde Batiste im jährlichen Kritikerpoll des Down Beat sowohl als Jazzkünstler des Jahres als auch als Künstler des Jahres „darüber hinaus“ (Beyond Artist) ausgezeichnet.
Jon Batiste an Baloise Session 2025 in Basel.
Im August 2022 wurde bekannt, dass Batiste seine Rolle in der Late Show aufgibt, um sich verstärkt auf sein künstlerisches Wirken zu konzentrieren. Jon Batiste trat bei der Baloise Session 2025, einem Boutique-Festival in Basel, mit einem Solo-Klavierprogramm auf und verband dabei Jazz, Blues, klassische und moderne Einflüsse.
↑Shivani Vora:How Jon Batiste, Bandleader on ‘Late Show With Stephen Colbert,’ Spends His Sundays. In: The New York Times. 24.November 2016, ISSN0362-4331 (nytimes.com[abgerufen am 11.April 2022]).
↑Jon Batiste: Grammy-Star heiratete Suleika Jaouad kurz vor ihrer Knochenmarktransplantation. In: Der Spiegel. 5.April 2022, ISSN2195-1349 (spiegel.de[abgerufen am 5.April 2022]).