Als Khoisan-Sprachen werden Sprachen im südlichen Afrika (Südafrika, Namibia, Angola und Botswana) sowie in Tansania bezeichnet, deren Phoneminventar Klicklaute enthält und die nicht zu den Niger-Kongo-Sprachen, den nilosaharischen oder afroasiatischen Sprachen gehören. Die Khoisansprachen bilden keine genetische Einheit (Sprachfamilie); ihr sprachliches Areal umfasst je nach Definition mindestens drei Sprachfamilien sowie einige isolierte Sprachen. Eine allen Khoisansprachen gemeinsame Ursprache lässt sich nicht rekonstruieren.
Khoisansprechende Gruppen sind insbesondere die im Süden und Südwesten Afrikas lebenden San und Khoikhoi. Diese werden zusammenfassend als Khoisan-Völker bezeichnet und sind nicht nur anhand ihrer meist helleren Hautfarbe genetisch klar von den anderen Völkern Afrikas abgrenzbar. Außerdem khoisansprachig sind die schwarzafrikanischen Damara, welche auch aufgrund der gemeinsamen Geschichte mitunter zu den Khoisanvölkern gezählt werden. Die in Tansania lebenden Hadza und Sandawe werden aufgrund typologischer Gemeinsamkeiten manchmal zu den Khoisansprachen hinzugezählt und auch in diesem Artikel aufgeführt.
Charakteristisch für die Khoisansprachen sind die Klicklaute und umfangreiche Phoneminventare (den Rekord mit 164 Phonemen hält ǃXóõ). Ebenfalls typisch sind Nominalklassensysteme.
Vor der Expansion der Bantu bildeten die Khoisangruppen in einem großen Teil des südlichen Afrikas die Mehrheitsbevölkerung. Von ihnen übernahmen manche Bantusprachen im südlichen Afrika sowie vielleicht die in Kenia gesprochene Sprache Dahalo ebenfalls Klicklaute. Sie gelten jedoch nicht als Khoisansprachen, da sie anderen Sprachfamilien zugeordnet werden können. Umstrittenen Theorien nach könnten diese Klicks Relikte einer „Ursprache“ der Menschheit sein. Heute sind diese Sprachen hochgradig gefährdete Minderheitensprachen, wobei das als Khoekhoegowab bezeichnete Dialektkontinuum, vor allem in Namibia, noch die größte Verbreitung hat.
Die Wissenschaft von den Khoisansprachen und den damit verbundenen Kulturen und Völkern wird Khoisanistik genannt. Sie ist ein Teilgebiet der Afrikanistik.
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