Schmidtner war der Sohn des Weilheimer Maurermeisters Sebastian Schmidtner und seiner Ehefrau Magdalena, geborene Sanktjohanser. Auch Leonhards Brüder Sebastian und Josef-Benedikt, sowie des letzteren Sohn Joseph waren Maurermeister, doch sind ihre Lebensdaten und Arbeiten bisher nahezu unbekannt.
Zunächst in Nürnberg angestellt, war er anfänglich eher der klassizistischen Stilrichtung zugeneigt. Da man dort aber die Neugotik als passender für die „altdeutsche“ Stadt empfand, wurde er 1837 in die Stellung eines „Civilbau-Inspektors“ bei der Regierung von Niederbayern (Sitz Passau) versetzt, denn dort würde „seine Richtung nicht schaden“. Nachdem die Regierung 1838 ihren Sitz nach Landshut verlegte, hat er jedoch in Niederbayern die Neugotik eingeführt. Er betrieb ausgedehnte Studien der gotischen Architektur und plante, darüber ein Lehrbuch zu verfassen.
Schmidtners Werke wurden im 20. Jahrhundert nicht sonderlich gewürdigt, da der Historismus lange gering geschätzt wurde.
Werk (Auswahl)
Landshut: St. Jodok, Innenansicht
Nürnberg: Arbeiten am Stadttheater, klassizistisch
Landshut: Pfarrkirche St. Jodok, Regotisierung (vermutlich der erste ausgeführte neugotische Bau in Niederbayern überhaupt), Anbau Taufkapelle und Sakristei, 1839–41
Wollaberg: Umbau und Erweiterung der Pfarrkirche St. Ägidius (unter Beibehaltung des Turms und eines Teils des Langhauses), neugotisch, 1844
Mengkofen-Hüttenkofen: Filialkirche Mariä Himmelfahrt, Langhausneubau in Blankziegeln, 1852
Waldkirchen: Pfarrkirche St. Peter und Paul, 1856–61 (einer der größten Sakralbauten der Diözese Passau, daher „Dom des Bayerischen Waldes“ genannt; nach Kriegszerstörung 1945 verändert wiederaufgebaut)
Heinrich Habel: Der Architekt Leonhard Schmidtner (1800–1873). Materialien zu einer Biografie. In: Beiträge zur Denkmalkunde, Tillmann Breuer zum 60. Geburtstag. München 1991, S. 49–78.
Petra Schlegl: Der Weilheimer Architekt Leonhard Schmidtner (1799–1873) und seine klassizistischen Bauten. In: Lech-Isar-Land, Weilheim in Oberbayern, 1997, S. 271–304.