Bieler unternahm danach ausgedehnte Reisen durch Europa und bis nach Neufundland. Mit seinem Freund Johannes Bobrowski gründete er 1962 scherzhaft den Neuen Friedrichshagener Dichterkreis. In Zusammenarbeit mit dem Hörspieldramaturgen Wolfgang Beck entstand bis Mitte der 1960er-Jahre für den Rundfunk der DDR in dichter Folge eine ganze Reihe von auch international erfolgreichen Hörspielen. 1966 heiratete er die Tschechin Marcella Matejovská und siedelte nach Prag über. Sein Theaterstück Zaza, das der Volksbühne Berlin eingereicht wurde, brachte ihm heftige Kritik des Politbüros des Zentralkomitees der SED ein. Dem nach Manfred Bielers Szenarium gedrehten DEFA-Film Das Kaninchen bin ich – Regie: Kurt Maetzig –, der im Sommer 1965 fertiggestellt war, wurde die bereits erteilte Aufführungserlaubnis wieder entzogen. Nach dem 11. Plenum des ZK der SED im Dezember 1965 wurde der Film verboten und erst im Dezember 1989 in der Akademie der Künste uraufgeführt. Die kritischen DEFA-Filmproduktionen des Jahres 1965 wurden von Sindermann als „Kaninchenfilme“ beschimpft. 1965 erhielt Bieler den Internationalen Hörspielpreis. Von 1965 bis 1967 war er Mitglied des PEN-Zentrums Ost und West (DDR), 1980 wurde er Mitglied im PEN-Club der BRD. Ab 1973 war er zudem Mitglied der Bayerischen Akademie der Schönen Künste.
Das Grab von Manfred Bieler auf dem Friedhof Obermenzing in München. Vor dem Grabstein befinden sich Kaninchenfiguren.
Er hielt sich zeitweise in der Tschechoslowakei auf. Im Jahr 1967 wurde er tschechoslowakischer Staatsbürger und trat 1968 dem tschechischen Schriftstellerverband bei. Nach dem Einmarsch der Warschauer-Pakt-Truppen in Prag übersiedelte er in die Bundesrepublik Deutschland. 1969 war er Gastdozent an der Universität Texas und erhielt den Andreas-Gryphius-Preis. 1971 wurde Bieler Staatsbürger der Bundesrepublik Deutschland. 1971 erhielt er den Bayerischen Kunstförderpreis und 1977 den Jakob-Kaiser-Preis. Seine Bücher wurden in mehrere Sprachen übersetzt. Bieler lebte zuletzt in München; er hatte drei Kinder (Marcella, Gregor und Laura) und spielte Cembalo.
Buchveröffentlichungen
Der Vogelherd. Erzählung. 1955
Der Schuß auf die Kanzel oder Eigentum ist Diebstahl. Parodien. Eulenspiegel, Berlin 1958
Zaza. Theaterstück. 1964/65
Bonifaz oder Der Matrose in der Flasche. Roman. Aufbau, Berlin 1963
Alle meine Tanten. 1964 (Erzählungen)
Märchen und Zeitungen. Aufbau, Berlin 1966 (Erzählungen)
Drei Rosen aus Papier. Hörspiele. Reclam, Leipzig 1967
Der junge Roth. Erzählungen. Biederstein, München 1968