Aufgrund häufiger Versetzungen ihres Vaters, der zuletzt Kreisgerichts-Präsident in Ungarisch Hradisch war, wohnte Marie Ertl während ihrer Kindheit und Jugend zunächst in wechselnden böhmisch-mährischen und danach in ungarischen Gemeinden. Ab 1863 lebte sie in Wien. Dort erhielt sie ihre erste künstlerische Ausbildung von 1874 bis 1877 an der neu gegründeten Zeichenschule des Bildhauers Franz Pönninger und bis 1880 bei dem Maler Anton Hlavaček, der sie mit der Öl- und Aquarelltechnik vertraut machte.
Später setzte Ertl ihre Studien bei dem Landschaftsmaler Peter Paul Müller in München fort. Auch besuchte sie die Belvedere-Galerie und die Schausammlung der Akademie der bildenden Künste Wien, wo sie zur Übung alte Meister kopierte. Sie unternahm eine achte Monate andauernde Studienreise nach Italien, während der sie unter anderem Rom, Neapel und Sizilien aufsuchte.
1882 debütierte Ertl bei einer Ausstellung des Wiener Kunstvereins. Weitere Ausstellungen in Wien und im Ausland folgten. So beschickte sie unter anderem 1886 das Wiener Künstlerhaus und 1896 die Internationale Kunstausstellung in Berlin. Ab 1902 stellte sie als Gast mit den Acht Künstlerinnen aus. Neben ihrer Tätigkeit als bildende Künstlerin gab sie auch Unterricht im Malen und Zeichnen.
Marie Ertl starb 1909 in Wien. Am 25. April 1910 wurde ihr künstlerischer Nachlass vom K. k. Versatz-, Verwahrungs- und Versteigerungsamt im Dorotheum versteigert.
Landschaft (Fuchsbauer bei Alt-Aussee), Alt-Aussee mit dem Dachstein und Drisselwand bei Alt-Aussee, Öl, 1891 Ausstellung Österreichischer Kunst-Verein
Dachstein, von Alt-Aussee gesehen, Öl, und Capri. Hotel Pagano, 1891 Ausstellung im sezessionistischen Künstler-Club