Pauens frühe kulturphilosophische Schriften setzen sich insbesondere mit der Tradition des Kulturpessimismus auseinander. In der Philosophie des Geistes hat sich Pauen insbesondere durch eine Argumentation für die Identitätstheorie hervorgetan, die in den 1950er Jahren durch Ullin Place und John Smart entwickelt wurde. Diese läuft auf die Gleichsetzung von mentalen und neuronalen Zuständen hinaus. Nachdem sie zeitweilig als wichtigste Position in der analytischen Philosophie des Geistes gegolten hatte, wurde sie jedoch unpopulär, da umstritten ist, ob sie mit der sogenannten multiplen Realisierung vereinbar ist.
Auf der Basis von experimentell gewonnenen sozialpsychologischen Erkenntnissen zum sozialen Fühlen und Denken von Menschen und zu ihrem gewöhnlichen Bevorzugen der eigenen Gruppe spricht sich Pauen für einen „empathischen Egoismus“ in der Sozialphilosophie aus.
Seine Einschätzung der politischen Macht ist in der Abwägung positiv, weil Koordination und Konfliktvermeidung zu steuern sind. Dabei entwickelt er zuletzt auch eine Psychologie des Rechtspopulismus, den er auf wachsende Ängste der von der Modernisierung überrollten „Verlierer“ in der Gesellschaft zurückführt. Durch Nationalismus solle verlorengegangener Zusammenhalt in der Gesellschaft gekittet werden. Diese Einschätzung wird in der Politikwissenschaft schon länger vertreten, besonders von Hans-Georg Betz. Doch Pauen verweist auch auf erfolgreiche Gegeninitiativen wie in Mechelen (Belgien).
Literatur
Monographien
Schellengeklingel oder Offenbarung. Rationalität und ästhetische Lust in deutschen Kunsttheorien bis zur Moderne (= Kunstwissenschaft – Theorie und Methode. Bd. 1). Lit, Münster u. a. 1991, ISBN 3-88660-771-2 (Zugleich: Marburg, Universität, Dissertation, 1989).
Dithyrambiker des Untergangs. Gnostizismus in Ästhetik und Philosophie der Moderne. Akademie Verlag, Berlin 1994, ISBN 3-05-002659-6.
Pessimismus. Geschichtsphilosophie, Metaphysik und Moderne von Nietzsche bis Spengler. Akademie Verlag, Berlin 1997, ISBN 3-05-003094-1.
mit Karl Hoheisel: Vorträge aus der Tagung: Gnosis und die Spiritualität der Postmoderne. (Zur Einschätzung moderner Strömungen als gnostisch).(= Hofgeismarer Vorträge. Bd. 7, ISSN0931-0398). Evangelische Akademie, Hofgeismar 1997.
Das Rätsel des Bewusstseins. Eine Erklärungsstrategie. Mentis, Paderborn 1999, ISBN 3-89785-087-7.
Grundprobleme der Philosophie des Geistes. Eine Einführung (= Fischer 14568). Fischer-Taschenbuch-Verlag, Frankfurt am Main 2001, ISBN 3-596-14568-6.
Illusion Freiheit? Mögliche und unmögliche Konsequenzen der Hirnforschung. S. Fischer, Frankfurt am Main 2004, ISBN 3-10-061910-2.
Was ist der Mensch? Die Entdeckung der Natur des Geistes. Deutsche Verlags-Anstalt, München 2007, ISBN 978-3-421-04224-8.
mit Gerhard Roth: Freiheit, Schuld und Verantwortung. Grundzüge einer naturalistischen Theorie der Willensfreiheit (= Edition Unseld. 12). Suhrkamp, Frankfurt am Main 2008, ISBN 978-3-518-26012-8.
Die weitverbreitete Vorstellung, eine angemessene Beschreibung phänomenalen Bewusstseins könne nur aus der Erste-Person-Perspektive gelingen, ist falsch. In: Matthias Eckoldt: Kann sich das Bewusstsein bewusst sein?, Carl-Auer, Heidelberg 2017, ISBN 978-3-8497-0202-1.
Macht und soziale Intelligenz. Warum moderne Gesellschaften zu scheitern drohen. S. Fischer, Frankfurt am Main 2019, ISBN 978-3-10-397332-7.
Herausgeberschaft
mit Heiner F. Klemme, Bernd Ludwig und Werner Stark: Aufklärung und Interpretation. Studien zur Philosophie Kants und ihrem Umkreis. Tagung aus Anlass des 60. Geburtstags von Reinhard Brandt. Königshausen & Neumann, Würzburg 1999, ISBN 3-8260-1630-0.
mit Gerald Funk und Gert Mattenklott: Ästhetik des Ähnlichen. Zur Poetik und Kunstphilosophie der Moderne (= Fischer 15003). Fischer-Taschenbuch-Verlag, Frankfurt am Main 2001, ISBN 3-596-15003-5.
mit Gerhard Roth: Neurowissenschaften und Philosophie. Eine Einführung (= UTB 2208). Fink, Stuttgart ISBN 3-8252-2208-X.
mit Christoph Herrmann, Jochen W. Rieger und Silke Schicktanz: Bewusstsein. Philosophie, Neurowissenschaften, Ethik (= UTB 2686). Fink, München u. a. 2005, ISBN 3-7705-4185-5.
mit Michael Schütte und Alexander Staudacher: Begriff, Erklärung, Bewusstsein. Neue Beiträge zum Qualia-Problem. Mentis, Paderborn 2007, ISBN 978-3-89785-395-9.
Tonträger
2009 Die Zukunft der Hirnforschung. Vorlesung. Audio-CD. Komplett-Media, Grünwald. ISBN 978-3-8312-6405-6