Muscat ist seit 2001 mit Joseph Muscat verheiratet und hat 2007 geborene Zwillingstöchter. 2018 wurde sie verdächtigt, über geheime Unternehmen Finanzgeschäfte abgewickelt zu haben. Die im Oktober 2017 bei einem Attentat ermordete investigative Journalistin Daphne Caruana Galizia recherchierte in dieser Angelegenheit.