Das Municipio Fray Marcos ist eine Verwaltungseinheit (Municipio) innerhalb des uruguayischen Departamentos Florida.
Das Municipio Fray Marcos befindet sich auf dem südöstlichen Teil des Departamentos Florida. Auf 279 km² wohnen 3432 Einwohner, womit die Bevölkerungsdichte 12 Einwohner/km² beträgt.
Bürgermeisterin (spanisch Alcaldesa) vom Municipio Fray Marcos ist Stella Mary Tucuna. Das Municipio wurde 2015 gegründet. Durch das Municipio de Fray Marcos führen die Straße Ruta 7 und die Bahnstrecke Toledo–Rio Branco.