Das Museum Godeffroy war ein naturkundliches, wissenschaftliches Museum in Hamburg, das von 1861 bis 1885 bestand.
Ein genaues Gründungsdatum des Museum Godeffroy wurde vermutlich nicht festgelegt. Die Anstellung des ersten Forschungsreisenden und dessen Reise zu den Navigator-Inseln (Schifferinseln) im Herbst 1861 stellte zunächst einen Beginn dar. Ende September 1862 wurde über einen Ausbau der zweiten Etage des dem Kontor gegenüberliegenden Speichers (Alter Wandrahm 29) als Raum für ein naturhistorisches Museum und der Einstellung von Mitarbeitern als Präparatoren im Hamburgischen Correspondenten berichtet. Mit der Anstellung Johannes Schmeltz als Kustos im Jahr 1863 konnte von einer Aufnahme einer Tätigkeit als Museum Godeffroy gesprochen werden. Erstmals 1865 wurde auf „Die reiche Sammlung von Objecten aller Classen des Thierreichs aus den naturhistorischen Expeditionen der Hrn. J. Ces. Godeffroy & Sohn …“ im Hamburgischen Adressbuch hingewiesen. Ab September 1876 wurden auf zwei Etagen Teile der zoologischen und der anthropologisch-ethnologischen Sammlung präsentiert. Die zoologische Abteilung zeigte Vögel inklusive Nester und Eier sowie wirbellose Tiere, wie z. B. Muscheln, Schnecken und Käfer. Für Fische, Reptilien und Amphibien sowie Säugetiere fehlte der Platz. Die anthropologische zeigte Waffen, Geräte, Schmuck, Bekleidung etc. sowie Schädel, Skelette und Gipsabgüsse davon. Regelmäßige Öffnungszeiten waren nicht vorgesehen und Besuche ausschließlich Fachleuten vorbehalten. Im Alten Wandrahm 29 blieb das Museum bis zum Verkauf.

Naturwissenschaften und die Entdeckungen in fernen Ländern stießen ab Anfang des 19. Jahrhunderts auf großes Interesse. Weltumsegelungen wie die der dänischen „Galathea“ oder der österreichischen „Novara“ waren als nationale Expeditionen angelegt. Unter wissenschaftlicher Zuhilfenahme wurden die Erkenntnisse in mehrbändigen Werken dokumentiert. Der Hamburger Kaufmann Peter Friedrich Röding zeigte in seinem 1804 eröffneten Museum für Gegenstände der Natur und Kunst u. a. zahlreiche zoologische Exemplare. Nach dessen Ende 1846 kamen Ausstellungsstücke an die Sammlung des Naturhistorischen Museums, die aus der des 1837 gegründeten Naturwissenschaftlichen Vereins und der schon vorher existierenden der Stadtbibliothek hervorgegangen war. Diese Sammlung wurde erst im Jahr 1891 mit der Fertigstellung und Eröffnung des Museumsgebäudes der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Da Spenden veröffentlicht wurden, war von vielen Stücken der Sammlung bekannt, dass sie überwiegend von Kaufleuten und Kapitänen stammten, die sie von ihren Reisen und Fahrten mitbrachten. Auf ähnlichem Wege gelangten ethnologische Gegenstände, Pflanzen und Tiere auch in den Handel. 1861 führte das Hamburgische Adressbuch im „Verzeichniß … nach ihren Gewerben und Beschäftigungen“ 10 Naturalien-Handlungen und im „alphabetischen Verzeichnis … sehenwerther Gebäude und anderer Merkwürdigkeiten“ mehr als 20 private Naturalienkabinette auf.
Vergleichbar mit Pflanzenjägern hatte die Firma Joh. Ces. Godeffroy & Sohn Forschungsreisende eingestellt. Der Zoologe Eduard Graeffe war 1861 auf Vermittlung von Heinrich Adolph Meyer als erster festangestellter Forschungsreisender eingestellt worden. Er bereiste die Südsee länger als zehn Jahre. Um einerseits der Nachfrage nach Naturalien nachzukommen und um anderseits das Angebot zu vergrößern, wurden im Laufe der Zeit weitere Forschungsreisende eingestellt.
Auch die Kapitäne der Segelschiffe brachten Materialien von den Fahrten nach Australien und in die Südsee mit. Dazu erwarben sie Stücke aus dem Handel in unmittelbarer Nähe des Hafens. (Kauffahrtei-)Kapitäne, die hervorgetreten sind: Jürgen Heinrich Witt, H.W. Wendt, H.D.A. Brück, Alfred Tetens und Georg Levison.
1863 wurde der Naturalienhändler Johannes Schmeltz als Kustos eingestellt. Im Laufe der Jahre kam C.A. Pöhl als Assistent hinzu. Die Aufgabe des Custos bestand u. a. darin, die von den Forschungsreisenden gesammelten und in Hamburg angelandeten Tiere, Pflanzen und anthropologischen Gegenstände an anerkannte Wissenschaftler, Universitäten in ganz Europa und Mitglieder von naturwissenschaftlichen Vereinen zu expedieren, um sie beschreiben und wissenschaftlich dokumentieren zu lassen. Anschließend wurden sie wieder nach Hamburg geschickt. Zu dieser Zeit gab es in Hamburg keine wissenschaftlichen Einrichtung, die eine Bestimmung hätte erbringen können.

Diese Vorgehensweise brachte sowohl den Wissenschaftlern und wie dem Museum Vorteile: Unbekanntes wurde erstmals klassifiziert, und das Museum Godeffroy konnte auf wissenschaftliche Dokumentation verweisen. Dies erklärt u. a. den auch heute noch hohen Bekanntheitsgrad. In dem Journal des Museum Godeffroy wurden Forschungsergebnisse mit teils farbigen Abbildungen ab 1873 veröffentlicht. Besonders bekannt sind die 180 gezeichneten Tafeln der Fische der Südsee, deren Vorlagen vom Reisenden Andrew Garrett stammten und die von dem Ichthyologen Albert Günther in drei Bänden dokumentiert wurden. Die farbigen und dekorativen Abbildungen wurde teilweise von dem Hamburger Lithografen Wilhelm Heuer gezeichnet. Der größere Teil der von den Reisenden gesammelten Stücke wurde zum Verkauf angeboten, in der Regel über die Catalog(e) der zum Verkauf stehenden Doubletten, bisweilen über Anzeigen. Dass es hierbei nicht immer reibungslos zuging, schildert eine kleine Episode, die in der Zeitung des entomologischen Vereins zu Stettin veröffentlicht wurde.
Nach der Einstellung der Tätigkeiten von Joh. Ces. Godeffroy & Sohn am 1. Dezember 1879 bestand das Museum weiter, da Wilhelm Godeffroy, ein Sohn von Carl Godeffroy, zwischenzeitlich Eigentümer geworden war. Er hatte das Museum im Ausgleich mit einer Forderung erhalten. Eine Fortführung des Museums in der bis dato gepflegten Weise war unmöglich geworden, da die Forschungsreisenden ihre Tätigkeiten hatten einstellen müssen. Bereits am 9. Dezember 1879 veröffentlichte der Hamburgische Correspondent eine mehrspaltige Darstellung der Museumstätigkeiten, dessen unbekannter Autor für einen Verbleib der Sammlung in Hamburg plädierte. Der Direktor des Museums für Kunst und Gewerbe Justus Brinckmann versammelte Anfang Januar 1880 „wissenschaftliche und kaufmännische Notabilitäten“ zwecks Erlass einer Petition an den Senat für den Ankauf der Sammlung. Da die Sammlungsstücke und das Museum einer breiten Öffentlichkeit unbekannt waren, wurden nun an Sonntagen Führungen angeboten. Der Fortbestand des Museums war durch den Abriss der Häuser auf der Wandrahm-Insel bedroht, die ab 1886 „niedergelegt“ werden sollten. Der Senat der Stadt Hamburg hatte beschlossen, dem Deutschen Zollgebiet beizutreten und dort die zukünftige Speicherstadt zu bauen.
Aus diesen Gründen waren die langwierigen Verhandlungen über den Verkauf von Teilen der Sammlung an verschiedene Museen erst im Jahr 1885 abgeschlossen worden. Eine größere Anzahl der Ausstellungsstücke ist bis heute erhalten geblieben. Zahlreiche Stücke werden im Museum für Völkerkunde zu Leipzig als Teil der Staatlichen Ethnographischen Sammlung Sachsens ausgestellt. Weitere Stücke gingen an das Naturhistorische Museum Hamburg und blieben so Hamburg damals erhalten. Sie befinden sich heutzutage im Zoologischen Museum und im Museum am Rothenbaum – Kulturen und Künste der Welt. Andere Teile der Sammlung kamen nach Leiden. Die Verbindung war über den ehemaligen Kustos Johannes Schmeltz zustande gekommen, der ab 1. Mai 1882 als „Conservator“ Mitarbeiter des Ethnographischen Museums in Leiden geworden und später deren Direktor wurde. Das Museum wurde später in Rijksmuseum voor Volkenkunde umbenannt und trägt jetzt den Namen „Museum Volkenkunde“. Es gab auch Sammler als Käufer. Zu ihnen gehörte der Maler Gabriel von Max.
In der Zeit zwischen 1882 und 1885 war C.A. Pöhl als Kustos für das Museum Godeffroy tätig. Er war überwiegend für den Abverkauf verantwortlich. Möglicherweise wurde der Verkauf über die Naturalienhandlung „E. Dämel“ abgewickelt. Aus unerfindlichen Gründen findet sich heutzutage bei einigen Stücken die Bezeichnung „Slg. C.A. Pöhl“. Eine Sammlung dieses oder anderen Namens innerhalb des Museums Godeffroy hat es nie gegeben.

Aus Anerkennung zur Förderung der Erforschung der Flora und Fauna des Stillen Ozeans wurden Tiere und Pflanzen in der Erstbeschreibung mit dem Namen Godeffroy versehen. Folgend eine kleine Auswahl:
Koordinaten: 53° 32′ 47,7″ N, 10° 0′ 5,4″ O