Spielerkarriere
Pacheta begann seine Laufbahn beim Racing Lermeño und wechselte 1989 zum CD Numancia, für den er in der Segunda División B spielte. In der Saison 1990/91 gehörte er Atlético Burgalés, der zweiten Mannschaft von Real Burgos, an. Anschließend wechselte er zu Atlético Marbella. Mit dem Verein stieg er 1992 in die Segunda División auf. Nach einer Saison beim CP Mérida wechselte er 1994 zu Espanyol Barcelona.
Für Espanyol spielte Pacheta fünf Jahre in der Primera División. Sein Erstligadebüt gab er am 17. September 1994 gegen den FC Barcelona. In der Primera División absolvierte er insgesamt 183 Spiele und erzielte 15 Tore.
1999 kehrte er zum CD Numancia zurück. Für den Klub spielte er sowohl in der Primera División als auch in der Segunda División. Nach vier Spielzeiten beendete er 2003 seine aktive Karriere.
Trainerkarriere
Nach dem Ende seiner Spielerkarriere war Pacheta beim CD Numancia zunächst in der sportlichen Leitung tätig. Im Februar 2009 übernahm er nach der Entlassung von Sergio Krešić erstmals das Traineramt der ersten Mannschaft. Numancia befand sich zu diesem Zeitpunkt im Abstiegskampf der Primera División und stieg am Saisonende in die Segunda División ab.
Im Februar 2011 wurde Pacheta Trainer von Real Oviedo in der Segunda División B. Nach seinem Abschied im Mai 2012 übernahm er im Dezember desselben Jahres den FC Cartagena. Mit Cartagena beendete er die reguläre Saison auf dem zweiten Platz seiner Gruppe, wurde jedoch noch vor den Aufstiegs-Play-offs entlassen.
Zur Saison 2013/14 wechselte er erstmals ins Ausland und wurde Trainer des polnischen Erstligisten Korona Kielce, mit dem er den Klassenerhalt erreichte. Anschließend kehrte er nach Spanien zurück und übernahm Hércules Alicante. Im Januar 2015 wurde er dort entlassen. Anfang 2016 wechselte er nach Thailand zum Ratchaburi FC, den er bis Ende 2017 trainierte.
Im Februar 2018 übernahm Pacheta den damaligen Drittligisten FC Elche. Noch in derselben Saison führte er die Mannschaft über die Play-offs zum Aufstieg in die Segunda División. Nach dem Klassenerhalt 2018/19 erreichte Elche in der Saison 2019/20 die Aufstiegs-Play-offs und setzte sich dort gegen Real Saragossa und den FC Girona durch. Damit stieg der Verein unter Pacheta innerhalb von drei Spielzeiten von der dritten in die erste Liga auf. Wenige Tage nach dem Aufstieg trennten sich Trainer und Verein.
Im Januar 2021 übernahm Pacheta den abstiegsgefährdeten Erstligisten SD Huesca. Den Abstieg konnte er nicht verhindern; nach Saisonende verließ er den Verein.
Zur Saison 2021/22 wurde er Trainer des aus der Primera División abgestiegenen Real Valladolid. In seiner ersten Saison gelang Valladolid der direkte Wiederaufstieg in die Primera División. In der folgenden Erstligasaison wurde Pacheta im April 2023 entlassen.
Im September 2023 übernahm er als Nachfolger von Quique Setién den FC Villarreal. Neben der Primera División trainierte er die Mannschaft auch in der UEFA Europa League. Nach zwölf Pflichtspielen endete seine Amtszeit bereits am 10. November 2023.
Am 14. Mai 2025 übernahm Pacheta den Zweitligisten FC Granada. Sein Vertrag umfasste den Rest der Saison 2024/25 sowie die beiden folgenden Spielzeiten bis Sommer 2027.
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