Die Aktivitäten des Vereins für Raumschiffahrt und am Raketenflugplatz Berlin befanden sich seit der Machtübernahme der Nationalsozialisten im Frühjahr 1933 unter strenger Überwachung. Nachdem die Gestapo noch im selben Jahr sämtliche Dokumente konfisziert hatte, wurden die Organisation und der Raketenflugplatz im Juni 1934 endgültig geschlossen.
Ehmayr arbeitete von nun an in verschiedenen Unternehmen als technischer Angestellter, bis er nach Kriegsende gemeinsam mit seiner Frau und seinem Sohn nach Österreich zurückkehrte. Dort lebte er zunächst in Wels, anschließend bis zu seinem Tod 1993 in Linz.
Paul Ehmayr ist Träger des silbernen Verdienstzeichens der Republik Österreich.
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