Phaeovirus

Phaeovirus
	Schemazeichnung: Virion der Gattung Phaeovirus, typisch für die Familie Phycodnaviridae
Systematik
Klassifikation:	Viren
Realm:	Varidnaviria
Reich:	Bamfordvirae
Phylum:	Nucleocytoviricota
Klasse:	Megaviricetes
Ordnung:	Algavirales
Familie:	Phycodnaviridae
Gattung:	Phaeovirus
Taxonomische Merkmale
Genom:	dsDNA linear
Baltimore:	Gruppe 1
Symmetrie:	sphärisch/ikosaedrisch
Wissenschaftlicher Name
	Phaeovirus
Links
ICTV Taxon History:	201904314
NCBI Taxonomy:	181085
ViralZone (Expasy, SIB):	590

Phaeovirus ist eine Gattung von Viren in der Familie der Phycodnaviridae und gehört damit zum Phylum Nucleocytoviricota (alias Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV). Als natürliche Wirte dienen Algen der Ordnung Ectocarpales. Es gibt (mit Stand 30. April 2024) drei Spezies in dieser Gattung. Der Wortbestandteil Phaeo- ist abgeleitet von griechisch φαιός phaiós: „dunkel“.

Systematik

Innere Systematik

Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat mit Stand 30. April 2024 folgende Spezies anerkannt:

Gattung Phaeovirus

Spezies Phaeovirus feldmanniae mit
Feldmannia species virus (FLSV, FsV, FspV, Wirt Feldmannia sp., Ectocarpales: Acinetosporaceae)
Spezies Phaeovirus irregularis mit
Feldmannia irregularis virus a (FirrV-a, auch FirrV-1)
Spezies Phaeovirus unasiliculosus mit
Ectocarpus siliculosus virus 1 (EsV-1, ehem. Typusspezies, Wirt Ectocarpus siliculosus, Ectocarpales: Ectocarpaceae)

Nicht mehr offiziell geführt werden folgende Vertreter:

Spezies „Ectocarpus siliculosus virus a“ (EsV-a, auch EsV-1a, Wirt Ectocarpus siliculosus, Ectocarpales: Ectocarpaceae)
Spezies „Ectocarpus fasciculatus virus a“ (EfV-a, Wirt Ectocarpus fasciculatus)
Spezies „Feldmannia species virus a“ (FsV-a)
Spezies „Hincksia hinckiae virus a“ (HhV-a, auch HhV-1, Wirt Hincksia hinckiae, Ectocarpales: Acinetosporaceae)
Spezies Myriotrichia clavaeformis virus a (McV-a, auch McV-1, Wirt Myriotrichia clavaeformis, Ectocarpales: Chordariaceae)
Spezies „Pilayella littoralis virus 1“ (PlV-1, Wirt Pylaiella littoralis — sic! siehe WoRMS und AlgaeBase, Ectocarpales: Acinetosporaceae)

Eine Liste, die auch einzelne Stämme (Isolate) und Abkürzungen aufführt findet man bei ScienceDirect. Oft – nicht immer – bezeichnet der Zusatz -a eine Spezies, -1 den zugehörigen Typus-Stamm (Isolat).

Äußere Systematik

Die folgende Systematik folgt Schulz et al. (2018) mit Korrekturen und Ergänzungen nach Hao et al. (2018):

Phycodnaviridae

Chlorovirus-Typ

AG_02

Chlorovirus

AG_01

„YSLPV1“, „YSLPV2“, „YSLPV3“

	„DSLPV1“

	Prasinovirus (BpV1, MpV1, „DSLPV3“ …)

PV_04

?„Phaeoviridae“

Phaeovirus

?„Pandoraviridae“

	„Mollivirus“

	„Pandoravirus“

„Sylvanvirus“

?„Coccolithoviridae“ [PV_05]

Coccolithovirus

YSLPV = „Yellowstone Lake Phycodnavirus“
DSLPV = „Dishui Lake Phycodnavirus“
Chlorovirus-Typ = „Phycodnaviridae“ s. s.

Greiner et al. (2018) sehen YLPV2 (alias YSLPV2, Yellowstone Phycodnavirus 2) jedoch nicht in der Klade der Viren vom Chlorovirus-Typ.

Coccolithovirus, „Sylvanvirus“ und die PV_04-Klade werden heute jedoch meist in einer gemeinsamen Klade „Pandoravirales“ gesehen.

Aufbau

Die Virionen (Virusteilchen) der Phaeoviren haben eine Hülle mit ikosaedrischer oder sphärischer Geometrie mit der Triangulationszahl T=169. Der Durchmesser beträgt ca. 120–150 nm.

Genom

Das Genom ist linear und hat eine Länge von etwa 150–350 Kbp (Kilobasenpaaren).

Bei der Typusspezies EsV-1 haben die Virionen einen Durchmesser von 200 nm, die Genomlänge beträgt 335.593 bp, es werden vorhergesagt 240 Proteine kodiert und der GC-Gehalt liegt bei 51,7 %.

Vermehrungszyklus

Die Virusreplikation geschieht nukleo-cytoplasmatisch (vom Zellkern ins Zytoplasma). Das Virus verlässt die Wirtszelle durch Lyse vermittels lytischer Phospholipide. Die Übertragung geschieht durch passive Diffusion.

Literatur

Dickson Kinyanyi, George Obiero, Peris W Amwayi, Stephen Mwaniki, Mark Wamalwa: In silico structural and functional prediction of African swine fever virus protein-B263R reveals features of a TATA-binding protein. In: PeerJ, Band 6, Nr. 4, S. e4396, 2018; doi:10.7717/peerj.4396, ResearchGate:323344287 (englisch). Siehe S. 13, insbes. Fig. 7.
Weijia Zhang, Jinglie Zhou, Taigang Liu, Yongxin Yu, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang: Four novel algal virus genomes discovered from Yellowstone Lake metagenomes. In: Scientific Reports, Band 5, Artikel Nr. 15131, 13. Oktober 2015; doi:10.1038/srep15131 (englisch).

Einzelnachweise

1 2 3 4 5 6 ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
1 2 ICTV: Taxonomy Browser.
1 2 3 Viral Zone. ExPASy, abgerufen am 21. Dezember 2018 (englisch).
↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
↑ William H. Wilson, Ilana C. Gilg, Mohammad Moniruzzaman, Erin K. Field, Sergey Koren, Gary R. LeCleir, Joaquín Martínez Martínez, Nicole J. Poulton, Brandon K. Swan, Ramunas Stepanauskas, Steven W. Wilhelm: Genomic exploration of individual giant ocean viruses, in: ISME Journal, Band 11, Nr. 8, August 2017, S. 1736–1745, doi:10.1038/ismej.2017.61, PMC 5520044 (freier Volltext), PMID 28498373
↑ Christoph M. Deeg, Cheryl-Emiliane T. Chow, Curtis A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea, in: eLife 7, 27. März 2018, e33014, doi:10.7554/eLife.33014. Hier insbes.: Fig. 6 Supplement 1
1 2 Nicolas Delaroque, Wilhelm Boland: The genome of the brown alga Ectocarpus siliculosus contains a series of viral DNA pieces, suggesting an ancient association with large dsDNA viruses. In: BMC Evolutionary Biology, Band 8, Nr. 110, 12. April 2008; doi:10.1186/1471-2148-8-110, PMID 18405387, PMC 2373305 (freier Volltext) (englisch). Mit Genomkarte.
↑ WoRMS: Pilayella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (x Status: unaccepted), und Pylaiella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (✔︎ Status: accepted)
↑ Guiry & Guiry: Pylaiella littoralis, AlgaeBase, World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway 2018 (Aufgerufen am 21. Dezember 2018)
↑ Phycodnaviridae: List of species in the genus Phaeovirus, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, in: Virus Taxonomy (ScienceDirect), 2012, S. 249-262, doi:10.1016/B978-0-12-384684-6.00024-0
↑ Frederik Schulz, Lauren Alteio, Danielle Goudeau, Elizabeth M. Ryan, Feiqiao B. Yu, Rex R. Malmstrom, Jeffrey Blanchard, Tanja Woyke: Hidden diversity of soil giant viruses. In: Nature Communications, Band 9, Nr. 4881, 19. November 2018; doi:10.1007/s00705-016-2853-4 (englisch).
↑ Hao Chen, Weijia Zhang, Xiefei Li, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang: The genome of a prasinoviruses-related freshwater virus reveals unusual diversity of phycodnaviruses. In: BMC Genomics, Dezember 2018, 19:49 (online 15. Januar 2018); doi:10.1186/s12864-018-4432-4 (englisch)
1 2 Fumito Maruyama, Shoko Ueki: Evolution and Phylogeny of Large DNA Viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae Including Newly Characterized Heterosigma akashiwo Virus. In: Front. Microbiol. 30. November 2016, doi:10.3389/fmicb.2016.01942, PMC 5127864 (freier Volltext), PMID 27965659.
1 2 3 4 Helena H. Vieira, Paul-Adrian Bulzu, Vojtěch Kasalický, Markus Haber, Petr Znachor, Kasia Piwosz, Rohit Ghai: Isolation of a widespread giant virus implicated in cryptophyte bloom collapse. In: The ISME Journal, Band 18, Nr. 1, Januar 2024, S. wrae029; doi:10.1093/ismejo/wrae029, Epub 24. Februar 2024 (englisch).
1 2 3 4 5 6 7 Frank O. Aylward, Mohammad Moniruzzaman, Anh D. Ha, Eugene V. Koonin: A phylogenomic framework for charting the diversity and evolution of giant viruses. In: PLOS Biology, 27. Oktober 2021; doi:10.1371/journal.pbio.3001430 (englisch).
↑ Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Multiple evolutionary origins of giant viruses. In: F1000 Research. 22. November 2018; doi:10.12688/f1000research.16248.1, version 1 (englisch).
1 2 3 4 Timo Greiner, Anna Moroni, James L. Van Etten, Gerhard Thiel: Genes for Membrane Transport Proteins: Not So Rare in Viruses. In: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 9, Special Issue Algae Virus, 26 August 2018, 456; doi:10.3390/v10090456 (englisch).
↑ Luke A. Sarre, Iana V. Kim, Vladimir Ovchinnikov, Marine Olivetta, Hiroshi Suga, Omaya Dudin, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza: DNA methylation enables recurrent endogenization of giant viruses in an animal relative. In: ScienceAdvances, Band 10, Nr. 28, 12. Juli 2024; doi:10.1126/sciadv.ado6406 (englisch).
↑ Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel: Mimiviridae: An Expanding Family of Highly Diverse Large dsDNA Viruses Infecting a Wide Phylogenetic Range of Aquatic Eukaryotes]. In: Viruses. 2018 Sep; 10(9), 18. September 2018, S. 506, doi:10.3390/v10090506, PMC 6163669 (freier Volltext), PMID 30231528, Tab. 2
↑ David M. Needham, Alexandra Z. Worden et al.: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)

Weblinks

[ICTV_MSL#35-1] 1 2 3 4 5 6 ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)

[ICTV_Tax-2] 1 2 ICTV: Taxonomy Browser.

[ViralZone-3] 1 2 3 Viral Zone. ExPASy, abgerufen am 21. Dezember 2018 (englisch).

[ICTV_VMR-4] ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).

[Wilson2017-5] William H. Wilson, Ilana C. Gilg, Mohammad Moniruzzaman, Erin K. Field, Sergey Koren, Gary R. LeCleir, Joaquín Martínez Martínez, Nicole J. Poulton, Brandon K. Swan, Ramunas Stepanauskas, Steven W. Wilhelm: Genomic exploration of individual giant ocean viruses, in: ISME Journal, Band 11, Nr. 8, August 2017, S. 1736–1745, doi:10.1038/ismej.2017.61, PMC 5520044 (freier Volltext), PMID 28498373

[Deeg2018-6] Christoph M. Deeg, Cheryl-Emiliane T. Chow, Curtis A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea, in: eLife 7, 27. März 2018, e33014, doi:10.7554/eLife.33014. Hier insbes.: Fig. 6 Supplement 1

[Delaroque2008-7] 1 2 Nicolas Delaroque, Wilhelm Boland: The genome of the brown alga Ectocarpus siliculosus contains a series of viral DNA pieces, suggesting an ancient association with large dsDNA viruses. In: BMC Evolutionary Biology, Band 8, Nr. 110, 12. April 2008; doi:10.1186/1471-2148-8-110, PMID 18405387, PMC 2373305 (freier Volltext) (englisch). Mit Genomkarte.

[8] WoRMS: Pilayella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (x Status: unaccepted), und Pylaiella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (✔︎ Status: accepted)

[9] Guiry & Guiry: Pylaiella littoralis, AlgaeBase, World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway 2018 (Aufgerufen am 21. Dezember 2018)

[10] Phycodnaviridae: List of species in the genus Phaeovirus, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, in: Virus Taxonomy (ScienceDirect), 2012, S. 249-262, doi:10.1016/B978-0-12-384684-6.00024-0

[Schulz2018-11] Frederik Schulz, Lauren Alteio, Danielle Goudeau, Elizabeth M. Ryan, Feiqiao B. Yu, Rex R. Malmstrom, Jeffrey Blanchard, Tanja Woyke: Hidden diversity of soil giant viruses. In: Nature Communications, Band 9, Nr. 4881, 19. November 2018; doi:10.1007/s00705-016-2853-4 (englisch).

[Hao2018-12] Hao Chen, Weijia Zhang, Xiefei Li, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang: The genome of a prasinoviruses-related freshwater virus reveals unusual diversity of phycodnaviruses. In: BMC Genomics, Dezember 2018, 19:49 (online 15. Januar 2018); doi:10.1186/s12864-018-4432-4 (englisch)

[Maruyama2016-13] 1 2 Fumito Maruyama, Shoko Ueki: Evolution and Phylogeny of Large DNA Viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae Including Newly Characterized Heterosigma akashiwo Virus. In: Front. Microbiol. 30. November 2016, doi:10.3389/fmicb.2016.01942, PMC 5127864 (freier Volltext), PMID 27965659.

[Vieira2024-14] 1 2 3 4 Helena H. Vieira, Paul-Adrian Bulzu, Vojtěch Kasalický, Markus Haber, Petr Znachor, Kasia Piwosz, Rohit Ghai: Isolation of a widespread giant virus implicated in cryptophyte bloom collapse. In: The ISME Journal, Band 18, Nr. 1, Januar 2024, S. wrae029; doi:10.1093/ismejo/wrae029, Epub 24. Februar 2024 (englisch).

[Aylward2021-15] 1 2 3 4 5 6 7 Frank O. Aylward, Mohammad Moniruzzaman, Anh D. Ha, Eugene V. Koonin: A phylogenomic framework for charting the diversity and evolution of giant viruses. In: PLOS Biology, 27. Oktober 2021; doi:10.1371/journal.pbio.3001430 (englisch).

[Koonin2018-16] Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Multiple evolutionary origins of giant viruses. In: F1000 Research. 22. November 2018; doi:10.12688/f1000research.16248.1, version 1 (englisch).

[Greiner2018-17] 1 2 3 4 Timo Greiner, Anna Moroni, James L. Van Etten, Gerhard Thiel: Genes for Membrane Transport Proteins: Not So Rare in Viruses. In: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 9, Special Issue Algae Virus, 26 August 2018, 456; doi:10.3390/v10090456 (englisch).

[Sarre2024-18] Luke A. Sarre, Iana V. Kim, Vladimir Ovchinnikov, Marine Olivetta, Hiroshi Suga, Omaya Dudin, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza: DNA methylation enables recurrent endogenization of giant viruses in an animal relative. In: ScienceAdvances, Band 10, Nr. 28, 12. Juli 2024; doi:10.1126/sciadv.ado6406 (englisch).

[Claverie2018-19] Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel: Mimiviridae: An Expanding Family of Highly Diverse Large dsDNA Viruses Infecting a Wide Phylogenetic Range of Aquatic Eukaryotes]. In: Viruses. 2018 Sep; 10(9), 18. September 2018, S. 506, doi:10.3390/v10090506, PMC 6163669 (freier Volltext), PMID 30231528, Tab. 2

[NeedhamWorden2019S1-20] David M. Needham, Alexandra Z. Worden et al.: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)