Als einen Prophagen bezeichnet man Phagen-DNA, die in das Genom von Bakterien eingebaut wurde.
Temperente Phagen bauen sich eine Zeit lang in das Bakteriengenom ein. Hier verhalten sie sich dann still, das heißt die Phagengene werden nicht abgelesen. Teilt sich das Bakterium, so werden die Phagengene einfach mit dupliziert. Der Phage wird also mit vermehrt. Die Phagengene können aber oft auch wieder aktiviert werden, so dass der Phage sich wieder aktiv vermehrt und andere Wirtszellen infiziert.
Prophagen können die Pathogenität von Bakterien deutlich verstärken. So werden z. B. Scharlach (Streptococcus pyogenes), Botulismus (Clostridium botulinum) und Cholera (Vibrio cholerae) als Krankheitsbilder hauptsächlich von den in den Bakterien enthaltenen Prophagen bzw. deren Toxinbildung definiert.
Prophagen sind Proviren der Bakterien (und Archaeen), analog zur Bezeichnung Bakteriophagen für Bakterienviren (früher Auch für Archaeenviren).
Ein Prophage wird „defektiv“ oder „kryptisch“ genannt, wenn er die Fähigkeit zur Infektion anderer Zellen („horizontale Verbreitung“) verloren hat und nur noch innerhalb eines Bakterienstamms „vertikal“ von einer Zelle auf ihre Nachkommen vererbt wird. Ein Beispiel sind Enterohämorrhagische Escherichia coli (EHEC) mit dem Shiga-Toxin kodierenden Prohagen CP-1639.
Als einen Provirophagen bezeichnet man Virophagen-DNA, die in das Genom von Helferviren eingebaut ist.
