Samuel Huber (* 21. Mai 1547 in Burgdorf; † 23. März 1624 in Osterwieck) war ein Schweizer lutherischer Theologe.
Huber wurde als Sohn des damaligen Rektors der Burgdorfer Stadtschule Peter Huber und dessen Frau Apollonia geboren. 1561–65 studierte er in Bern, anschließend in Basel, Heidelberg und Marburg. Nachdem er 1567 die Stelle eines Konrektors der Schule in Bern versehen hatte, absolvierte er ab 1569 die Stelle eines Provisors daselbst. 1570 wurde er Pfarrer in Büren an der Aare, wofür er die Confessio Helvetica posterior unterzeichnen musste. Ab 1576 war er Pfarrer in Saanen und ab 1581 in seinem Geburtsort Burgdorf, später Vizedekan des Kapitels Burgdorf. Er wandte sich der lutherischen Theologie und Liturgie zu, wodurch er zum Auslöser des Berner Prädestinationsstreits von 1588 wurde, da er die calvinistische Abendmahls- und die Prädestinationslehre bestritt.
Bei einem Gespräch in Mömpelgard im Mai 1586 verschärften sich die Auseinandersetzungen. Huber, der sich auf die Seite von Jakob Andreae geschlagen hatte, kritisierte vor allem Théodore de Bèze, dessen Lehre er als unchristlich und gräulich titulierte. Dafür wurde er 1587 vom Kirchengericht gemassregelt. Dennoch konnte auch unter Hinzuziehung auswärtiger Theologen keine Einigung erzielt werden. Um Ruhe zu schaffen, entliess man Huber aus dem schweizerischen Kirchendienst.
Er ging nach Württemberg, unterschrieb die Konkordienformel und erhielt eine Stelle in Derendingen. Hier verfasste er einige Streitschriften gegen Jesuiten und Reformierte und ein lateinisches Werk, in dem er in 1329 Thesen der calvinistischen Prädestinationslehre widersprach. Dadurch wurde man auf Huber in Sachsen aufmerksam und berief ihn als Professor an die theologische Fakultät der Universität Wittenberg.
Von seiner Berufung erhoffte man sich, einen Mitstreiter gegen die Calvinisten und Kryptocalvinisten gefunden zu haben. Daher fand er auch freundliche Aufnahme an der Universität und konnte den erforderlichen Doktorgrad der Theologie am 30. September 1592 unter Polycarp Leyser erwerben. Er erwies sich jedoch als rechthaberisch und provokativ und geriet dabei vor allem mit Ägidius Hunnius dem Älteren und Salomon Gesner in eine heftige Auseinandersetzung. Vor allem Hunnius, der die lutherische Orthodoxie in Wittenberg weiterentwickelt hatte, griff Huber mit seinem zu weitläufig interpretierten Gnadenunversialismus an. Da er von seinem Standpunkt nicht weichen wollte und dadurch die Auseinandersetzungen nicht beigelegt werden konnten, entließ man ihn 1594 aus seinem Amt und wies ihn aus dem Kurfürstentum Sachsen aus.
1594 immatrikulierte er sich als Graduierter gemeinsam mit seinem Sohn Salomon Huber an der Universität Rostock und hielt sich später noch an mehreren Orten auf. 1611 setzte ihm Herzog Friedrich Ulrich von Braunschweig-Wolfenbüttel eine Art Stipendium aus. Er starb nach unsteter Wanderschaft im Alter von 77 Jahren in Osterwick in der Nähe von Halberstadt bei seinem Schwiegersohn.
| Personendaten | |
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| NAME | Huber, Samuel |
| KURZBESCHREIBUNG | lutherischer Theologe |
| GEBURTSDATUM | 21. Mai 1547 |
| GEBURTSORT | Burgdorf |
| STERBEDATUM | 23. März 1624 |
| STERBEORT | Osterwieck |