Die sogenannte Schiffermadonna ist eine um 1420 wohl in einer Kölner Werkstatt entstandene spätgotische Marienfigur. Die gekrönte Maria steht aufrecht und hält das Jesuskind auf ihrem linken Arm. Die reich drapierte Gewandung mit tiefen Faltenwürfen und der schwungvolle Körperhaltung ordnet die Figur stilistisch dem Typus der „schönen Madonnen“ zu.
Ursprünglich stammt die 2,05 m hohe Holzfigur aus der Klosterkirche in Walberberg bei Sechtem und kam wohl erst nach der Säkularisation und Auflösung des Klosters im 19. Jahrhundert nach St. Maria in Lyskirchen.
Nachdem das östliche Chorscheitelfenster der Kirche vor 1827 zugemauert worden war, erhielt die Skulptur für eine Zeitlang außen an dieser Stelle ihren Platz und wurde mit einem kleinen Vordach geschützt.
Später wurde sie wieder im Inneren, auf der Nordempore angebracht. Nach 1911 erhielt sie eine neue, mehrfarbige Fassung – zuvor war sie steingrau – und ein neues Gehäuse; ihr neuer Platz war nun ein Mauerwinkel unterhalb der nördlichen Emporentreppe.
Das Gehäuse wurde 1930 entfernt, und die Wandbemalung der Nische von Peter Hecker neu gestaltet.
