Die J. S. Bach-Stiftung ist eine im Jahr 1999 gegründete Schweizer Stiftung mit Sitz in St. Gallen. Sie realisiert die Aufführung und Dokumentation des gesamten Vokalwerks von Johann Sebastian Bach. Künstlerischer Leiter ist Rudolf Lutz.
Ziel der Stiftung ist es, das gesamte Vokalwerk Johann Sebastian Bachs (200 Kantaten, sechs Motetten, diverse Messsätze, Oratorien, Passionen und die h-Moll-Messe) öffentlich aufzuführen und in Videoaufnahmen zu dokumentieren. Bei einer Aufführung pro Monat wird derzeit (2025) mit einem Abschluss des Projekts im Jahr 2028 gerechnet. Die Stiftung will ausserdem das Kulturleben in der Region Ostschweiz fördern.
Gründer der J. S. Bach-Stiftung sind Rudolf Lutz und der Unternehmer Konrad Hummler. Die erste Kantatenaufführung fand am 24. November 2006 statt.
Der Stiftungsrat besteht aus Konrad Hummler (Vorsitzender), Cla Reto Famos und Christoph Rohner. Der Bach-Experte Anselm Hartinger unterstützt die Arbeit der Stiftung als musikwissenschaftlicher Berater.
2011 wurde als eine zweite Stiftung die Internationale J. S. Bach-Stiftung Zürich gegründet. Diese verfolgt das Ziel, die Arbeit der J. S. Bach-Stiftung über deren ursprüngliches Wirkungsgebiet in der Ostschweiz hinaus bekannter zu machen – in der ganzen Schweiz und international. Zu diesem Zweck organisiert sie die Finanzierung sowie die Auftritte von Chor und Orchester bei Musikfestivals und betreut die Social Media. Der Stiftungsrat der Internationalen J. S. Bach-Stiftung Zürich besteht aus Gerhard Schwarz (Präsident), Burkhard Gantenbein und Peter Kaisser. Anneliese Looser fungiert als Geschäftsführerin. Zur Entlastung der J. S. Bach-Stiftung wurde deren operative Tätigkeit Anfang 2016 auf eine Tochtergesellschaft übertragen, die seit 2017 unter J. S. Bach St. Gallen AG firmiert; deren Verwaltungsrat besteht aus Konrad Hummler (Präsident), Matthias Städeli und Roman Burch. Anne-Kathrin Topp fungiert als Geschäftsführerin.
Jede Kantate wird pro Abend zweimal aufgeführt, zwischen den beiden Aufführungen wird eine Reflexion über den Kantatentext vorgetragen.
Vor der Aufführung führen Rudolf Lutz und ein Theologe das Publikum in das Werk ein. Die Werkeinführungsblätter werden dem Publikum ausgehändigt und sind online abrufbar.
Im Wechselspiel mit Lutz beleuchtet ein Pfarrer theologische Aspekte der Kantate. Dieser Part wurde mehr als elf Jahre lang und bei über 100 Kantaten von Karl Graf übernommen. Graf war von 1966 bis 1993 Pfarrer an der evangelischen Stadtkirche St. Laurenzen in St. Gallen gewesen und hatte dort mit Lutz zusammengearbeitet, der von 1973 bis 2013 als Organist in St. Laurenzen tätig war. Letztmals wirkte Karl Graf bei einer Werkeinführung im April 2018 mit, im Rahmen der Uraufführung der Landsgemeindekantate, die Rudolf Lutz im Stil von Johann Sebastian Bach komponiert hatte und an der Karl Graf als Librettist beteiligt war. Seit August 2018 gestaltet Niklaus Peter-Barth, Pfarrer am Fraumünster in Zürich und Dekan des Pfarrkapitels der Stadt Zürich, gemeinsam mit Rudolf Lutz die Werkeinführungen.
Referenten aus verschiedenen Wissenschafts- und Erfahrungsgebieten tragen im Rahmen der Aufführung eine auf die Thematik der Kantate abgestimmte «Reflexion» vor.

Die Kantatenkonzerte finden überwiegend in der Reformierten Kirche Trogen statt. Einzelne Aufführungen werden an anderen Orten in der Ostschweiz und der Schweiz veranstaltet.
Chor und Orchester der Stiftung stehen unter der Leitung von Rudolf Lutz. Das Ensemble führt die Kantaten mit der erforderlichen variablen Besetzung auf und orientiert sich an der historischen Aufführungspraxis.
Von 2006 bis zum Januar 2011 trat das Vokal- und Instrumentalensemble unter dem Namen Schola Seconda Pratica auf. Der Fachbegriff seconda pratica bezieht sich auf den seinerzeit neuartigen Stil der frühen Barockmusik, insbesondere bei Claudio Monteverdi.
Neben den regelmässigen Kantatenkonzerten in der Ostschweiz treten Chor und Orchester der J. S. Bach-Stiftung auch im In- und Ausland auf. Gastspiele führten das Ensemble unter anderem nach Leipzig, ins Wiener Konzerthaus und in den Berliner Dom sowie innerhalb der Schweiz ins KKL Luzern.
Seit 2014 veranstaltet die J. S. Bach-Stiftung im Zweijahresrhythmus die Appenzeller Bachtage. Das mehrtägige Festival verbindet Aufführungen von Werken Bachs mit weiteren Konzert-, Vermittlungs- und Veranstaltungsformaten.
2026 wurde die J. S. Bach-Stiftung mit der Bach-Medaille der Stadt Leipzig ausgezeichnet. Die Verleihung fand am 15. Juni 2026 im Rahmen des Bachfests Leipzig statt. Mit der Auszeichnung wurde insbesondere die Vermittlungsarbeit der Stiftung gewürdigt.
Die Konzertaufzeichnungen werden auf verschiedenen Ton- und Bildmedien veröffentlicht. Jährlich erscheinen vier CDs mit jeweils drei bis vier Kantaten sowie eine DVD-Box mit den Aufzeichnungen eines Jahrgangs. Darüber hinaus werden die Aufnahmen über gängige Audio-Streamingdienste veröffentlicht und über Bachipedia audiovisuell zugänglich gemacht. Seit 2026 veröffentlicht die Stiftung ausgewählte Produktionen auch im immersiven Audioformat Dolby Atmos.
Mit Bachipedia betreibt die J. S. Bach-Stiftung eine frei zugängliche digitale Plattform zum Vokalwerk Johann Sebastian Bachs. Sie bündelt audiovisuelle Aufzeichnungen der im Rahmen des Kantatenprojekts aufgeführten Werke mit Werkeinführungen, Reflexionen und weiteren werkbezogenen Informationen. Teile der Inhalte werden in deutscher, englischer und spanischer Sprache angeboten.
Konzert-Besprechungen erscheinen regelmässig im St. Galler Tagblatt. Dort erschien auch die erste Rezension zur Aufnahme der Matthäus-Passion. Gelegentlich berichten auch Aargauer Zeitung, Basler Zeitung, Basellandschaftliche Zeitung, Der Landbote, Handelszeitung, Weltwoche und die Neue Zürcher Zeitung über das Projekt und seine Aktivitäten. Beiträge brachten ferner die Leipziger Volkszeitung, die Fränkische Landeszeitung, die Schwäbische Zeitung, und der Südkurier, dazu Musik & Theater und das Mitteilungsblatt der NBG.