Kleinschmidt trat 1984 in die Redaktion der Kulturzeitschrift Sinn und Form ein. 1988 wurde er stellvertretender Chefredakteur und übernahm 1991 die Leitung der Zeitschrift, die er bis 2013 innehatte. 1993 wurde er zum Mitglied des PEN Deutschland gewählt.
Im Februar 2008 führte Kleinschmidt in Berlin eine Reihe von Gesprächen mit Daniel Kehlmann, die unter dem Titel Requiem für einen Hund in gedruckter Form erschienen ist.
Im Jahr 2023 gab er zusammen mit dem Theologen Thomas A. Seidel in der Evangelischen Verlagsanstalt (EVA) den Sammelband Angst, Politik, Zivilcourage. Rückschau auf die Corona-Krise heraus, der von den Theologen Kristin Merle und Hans-Ulrich Probst als passagenweise demokratiefeindlich und antisemitisch kritisiert wurde. Das Gemeinschaftswerk der Evangelischen Publizistik (GEP) als Mehrheitsgesellschafter der EVA nahm es daraufhin wieder vom Markt, was in der Geschichte des Unternehmens bis dahin einzigartig war. Die Depublikation rief scharfe Proteste hervor. In der Online-Ausgabe der Berliner Zeitung vom 26. Dezember 2023 haben der Theologe Detlef Hiller und die Journalistin Doris Weilandt in einem Offenen Brief die in der Pressemitteilung des GEP erhobenen und sich auf die Rezension von Merle und Probst stützenden Vorwürfe als verleumderisch zurückgewiesen. Da die EVA eine zunächst erwogene revidierte zweite Auflage des Bandes ablehnte, haben die Herausgeber bei SCM R. Brockhaus im Mai 2025 eine grundlegend überarbeitete und erweiterte Neuausgabe unter dem Titel Angst, Glaube, Zivilcourage. Folgerungen aus der Corona-Krise veröffentlicht.
Georg Lukács: Über die Vernunft in der Kultur, Ausgewählte Schriften 1909–1969. Reclam-Verlag, Leipzig 1985
Walter Benjamin: Beroliniana. Union Verlag, Berlin 1987
Sinn und Form. Beiträge zur Literatur. Herausgegeben von der Akademie der Künste. Jahrgänge 1991–2012 sowie Jg. 2013 (Heft 1–4)
Denk ich an Deutschland … Stimmen der Befremdung. S. Fischer Verlag, Frankfurt am Main 1993 (mit Wolfgang Balk)
Stimme und Spiegel. Fünf Jahrzehnte Sinn und Form. Eine Auswahl. Aufbau Verlag, Berlin 1998
Brechts Glaube. Religionskritik, Wissenschaftsfrömmigkeit, Politische Theologie. Brecht Dialog 2002. Verlag Theater der Zeit, Berlin 2002 (mit Therese Hörnigk)
Friedrich Dieckmann: Die Freiheit ein Augenblick. Texte aus vier Jahrzehnten. Verlag Theater der Zeit, Berlin 2002 (mit Therese Hörnigk)
Brecht und der Sport. Brecht Dialog 2005. Verlag Theater der Zeit, Berlin 2006 (mit Therese Hörnigk)
Die Zukunft der Nachgeborenen. Von der Notwendigkeit, über die Gegenwart hinauszudenken. Brecht-Tage 2007. Verlag Theater der Zeit, Berlin 2007 (mit Therese Hörnigk)
Das Angesicht der Erde. Brechts Ästhetik der Natur. Brecht-Tage 2008. Verlag Theater der Zeit, Berlin 2008
Botho Strauß: Allein mit allen. Gedankenbuch. Carl Hanser Verlag, München 2014
Friedemann Richert: Das lateinische Gesicht Europas. Gedanken zur Seele eines Kontinents. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2020 (mit Thomas A. Seidel)
Wegmarken und Widerworte. Ulrich Schacht zum 70. Geburtstag. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2021 (mit Thomas A. Seidel)
Coram Deo versus Homo Deus. Christliche Humanität statt Selbstvergottung. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2021 (mit Thomas A. Seidel)
Im Anfang war das Wort. Sprache, Politik, Religion. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2022 (mit Thomas A. Seidel)
Hanns Cibulka: Nachtwache. Tagebuch aus dem Kriege. Sizilien 1943. Verlag Matthes & Seitz Berlin, 2022
Angst, Politik, Zivilcourage. Rückschau auf die Corona-Krise. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2023 (mit Thomas A. Seidel)
Bild der Welt und Geist der Zeit. Dem Zerfall von Kirche und Gesellschaft begegnen. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2024 (mit Friedemann Richert und Thomas A. Seidel)
↑Lothar Müller: Das Meer, das Buch, das Haus. 65 Jahre Sinn und Form – und der Chefredakteur wird geehrt. In: Süddeutsche Zeitung. Nr. 195, 24./25. August 2013, S. 17.
↑Friedrich Dieckmann: „Insel in sehr unterschiedlichen Meeren“. Sebastian Kleinschmidt und Sinn und Form. In: Sinn und Form 2/2014, S. 265–272.
↑Willi Wild: Kirche und Corona. Aufarbeiten! In: Glaube und Heimat, 1. Juni 2025, S. 2.