Seine Forschung befasst sich mit Fragen des Management Accounting und Controlling, insbesondere der Auswirkungen von Controllinginstrumenten und -systemen auf Führungskräfte und Mitarbeiter. Neben wünschenswerten Auswirkungen wie gesteigerter Motivation oder unternehmerischem Verhalten (intrapreneurship) beleuchtet die Forschung Linders auch unerwünschte Wirkungen, zum Beispiel Manipulation von Kennzahlen, Job-related Stress und Burnout. Er ist Autor oder Co-Autor zahlreicher wissenschaftlicher Publikationen, die unter anderem in der European Accounting Review, IEEE Transactions on Engineering Management, International Journal of Management Reviews, Journal of Banking & Finance, Journal of Business Ethics, Journal for Management und Management Accounting Research erschienen sind. Im Jahr 2024 erhielten Tina Saebi, Nicolai J. Foss und Stefan Linder für ihren Artikel „Social Entrepreneurship Research: Past Achievements and Future Promises“ den renommierten Scholarly Impact Award des Journal of Management.
Linder lehrt in den Bachelor-, Grande Ecole-, Executive MBA- und Ph.D.-Programmen an der ESSEC, die zu den Grandes Écoles zählt.
Schriften (Auswahl)
mit Jürgen Weber: Budgeting, Better Budgeting oder Beyond Budgeting? Konzeptionelle Eignung und Implementierbarkeit. John Wiley & Sons, Weinheim 2003, ISBN 978-3-527-50175-5.
mit Jürgen Weber: Neugestaltung der Budgetierung mit Better und Beyond budgeting? Eine Bewertung der Konzepte (=Advanced controlling. Band64). Wiley-VCH, Weinheim 2008, ISBN 978-3-527-50412-1.
mit Jennifer Kunz: Organizational Control and Work Effort: Another Look at the Interplay of Rewards and Motivation. European Accounting Review, 21(3), pp. 591–621. https://doi.org/10.1080/09638180.2012.684498
mit Nicolai J. Foss: Microfoundations: Nature, Debate, and Promise. Cambridge University Press, Cambridge 2019, ISBN 978-1-108-68549-8.
mit Tina Saebi und Nicolai J. Foss: Social Entrepreneurship Research: Past Achievements and Future Promises. Journal of Management, 2019 https://doi.org/10.1177/0149206318793196
mit Veronica Casarin, Bernard Leca und Adrian Zicari: Designing Ethical Management Control: Overcoming the Harmful Effect of Management Control Systems on Job-Related Stress. Journal of Business Ethics, 2021, Vol. 172: 4, pp. 747–764. https://www.jstor.org/stable/45396215
mit Carmen Tanner und Matthias Sohn: Does moral commitment predict resistance to corruption? Experimental evidence from a bribery game. Plos One, 17(1), https://doi.org/10.1371/journal.pone.0262201
mit Sabra Khajehnejad: Why the type of information observable to peers matters: Peer monitoring and performance measure manipulation. Management Accounting Research, 2022, Vol. 57, pp. 100815. https://doi.org/10.1016/j.mar.2022.100815