Stisser ist der Name einer vor allem in Mitteldeutschland ansässigen Gelehrtenfamilie.
Der als Stammvater anzusehende Hans Stisser wurde um 1460 in der Umgebung von Dortmund oder Osnabrück geboren und erhielt 1486 das Bürgerrecht in Quedlinburg, wo er später sogar das Amt des Bürgermeisters erwarb und 1526 starb. Seine Ehefrau Apollonia („Plönnecke“) Nieß stammte aus einer eingesessenen Dortmunder Familie.
Sein Sohn Johannes Stisser (ca. 1485–1537) war Rotgerber, ebenfalls Bürgermeister in Quedlinburg und ein Freund Martin Luthers. Er heiratete 1508 in Quedlinburg Apollonia Kramer aus Braunschweig, Tochter des Hans Kramer (1445–1494) und der Margarethe Döring (1461–1510).
Von ihren fünf Kindern führte vor allem der mansfeldische Geheimrat und Kanzler in Eisleben Balthasar Stisser (1526–1583), promovierter Jurist, die Stammreihe fort. Seine erste Ehefrau Anna Goldstein (1532–1569) war eine Tochter des Kilian Goldstein.
Aus dieser Ehe stammte unter anderen Kilian Stisser (1562–1620), Kanzler in Halle, verheiratet mit der Buchhändlertochter Margarethe Heil (1561–1630). Zu deren Söhnen gehören:
Söhne des Oberamtmanns im Amt Dannenberg Joachim Stisser (1621–1679), eines Enkels des o. g. Kanzlers Balthasar Stisser, verheiratet mit Katharina Maria Hesse (1628–1664), waren u. a.