Thomas Bauer ist der Name folgender Personen:
- Thomas Bauer (Theologe) (1821–1893), deutscher Theologe und Ordensgeistlicher
- Thomas Bauer (Ökologe) (* 1943), deutscher Ökologe und Hochschullehrer
- Thomas Bauer (Verwaltungsbeamter, 1955) (* 1955), Schweizer Jurist und Verwaltungsbeamter
- Thomas Bauer (Unternehmer) (* 1955), deutscher Bauunternehmer, Verbandsfunktionär und Politiker
- Thomas Bauer (Verwaltungsbeamter, 1957) (* 1957), deutscher Jurist und Verwaltungsbeamter
- Thomas Bauer (Arabist) (* 1961), deutscher Arabist und Islamwissenschaftler
- Thomas Bauer (Historiker) (* 1961), deutscher Historiker
- Thomas Bauer (Schauspieler) (* 1962), deutscher Schauspieler
- Thomas Bauer (Fußballspieler) (* 1969), österreichischer Fußballspieler
- Thomas Bauer (Schriftsteller) (* 1976), deutscher Dichter und Schriftsteller
- Thomas Bauer (Mikrobiologe) (* 1979), österreichischer Mikrobiologe
- Thomas Bauer (Shorttracker) (* 1984), deutscher Shorttrackläufer und Trainer
- Thomas Bauer (Handballspieler) (* 1986), österreichischer Handballtorwart
- Thomas Bauer-Friedrich (* 1976), deutscher Kunsthistoriker
- Thomas E. Bauer (Thomas Eduard Bauer; * 1970), deutscher Sänger (Bariton)
- Thomas Gottfried Bauer (* 1964), deutscher Mediävist und Kirchenhistoriker
- Thomas Johann Bauer (* 1973), deutscher Theologe und Hochschullehrer
- Thomas K. Bauer (* 1968), deutscher Ökonom
