1994 wurde er zum Leiter der Musikabteilung bei der Schweizer Kulturstiftung Pro Helvetia berufen. Hier stellte er die Komponistenförderung neu auf und begründete die Prioritäre Jazzförderung. 1994–2004 war er Vorstandsmitglied der Schweizer Musikforschenden Gesellschaft, Zürich, 1995–2012 wirkte er als Stiftungsrat der Fondation SUISA pour la musique. Als Präsident der Arbeitsgemeinschaft zur Förderung schweizerischer Musik 1996–2011 revitalisierte er das Label Grammont. 2000–2003 war er Stiftungsrat des Schweizer Nationalfonds, 2005–2011 Stiftungsrat im Künstlerhaus Boswil, 2007–2008 stellvertretender Direktor von Pro Helvetia.
2011 wechselte er als Gastprofessor an die Hochschule der Künste Bern, wo er 2012 die Leitung der neu geschaffenen Forschungsabteilung übernahm. 2012–2015 war er Vorstandsmitglied des Vereins Kulturvermittlung Schweiz, 2013–2017 Präsident vom Gönnerverein der Zeitschrift «Dissonance», 2014 Co-Leiter der Summer School «Forschung und Kunstwissen» von HKB und ZHdK, 2014–2026 Vorstandsmitglied der Schweizer Musikedition SME, die er 2014–2015 auch präsidierte, 2014–2024 Stiftungsrat des Klingenden Museums Bern, das er 2017 mitgegründet hatte. 2014–2025 verantwortete er das gemeinsame interdisziplinäre Doktoratsprogramm «Studies in the Arts» (SINTA, vormals «Graduate School of the Arts») von HKB und Universität Bern, das auch ohne Universitätsabschluss erstmals in der Schweiz eine künstlerisch-wissenschaftliche Promotion ermöglichte. 2015 war er Präsident des Internationalen Kirchenmusikkongresses Bern, 2016–2019 Gründer und Leiter BFH-Zentrums «Arts in Context» und 2020 Initiant des «HKB-Business Lab». 2021 initiierte er eine weitere Kooperation für ein künstlerisch-wissenschaftliches Doktorat, diesmal mit der Anton Bruckner Privatuniversität Linz.
Gartmann leitete sieben Forschungsprojekte des Schweizerischen Nationalfonds zu den Themen Musik und Politik, Librettistik, Jazz in der Schweiz, Musik und Medien, Ontologie der Musik, Interpretationsforschung, historisches Klavierspiel insbesondere bei Beethoven, Musikdiskurse, Musik und Bild sowie Musikinstrumente des Mittelalters und der Renaissance. Auf internationale Beachtung stiess dabei insbesondere die von ihm initiierte Neufassung von Othmar Schoecks letzter Oper (gemeinsam mit Francesco Micieli und Mario Venzago), die wegen ihrer politischen Dekontaminierung auf ein sehr gemischtes Echo stiess. Weitere Forschungen beschäftigten sich mit Hochleistungsteams in der Musik und Wirtschaft, mit künstlerischer Forschung, mit Improvisation und deren Konservierung, mit Raubkunst/Fluchtgut und mit dem Smartphone als Musikinstrument. Auch wissenschaftspolitisch engagiert sich Gartmann, etwa indem er sich gegen populistische Kritik an der Forschungsförderung wehrt.
Schriften
Als Autor
Mozart und die Schweiz, Ausstellungskatalog: Zürcher Mozart‑Tage 1991. Musik Hug, Zürich 1991.
10 Jahre Jubiläumsstiftung «Kind und Musik». Musik Hug, Zürich 1992.
«… dass nichts an sich jemals vollendet ist.» Untersuchungen zum Instrumentalschaffen von Luciano Berio. 2. Auflage. Paul Haupt, Bern 1997, ISBN 978-3-258-04998-4.
Cadenza – Pro Helvetia und die Musik. Pro Helvetia, Zürich 1999.
Als Herausgeber
Giuseppe Colombi: Triosonaten. Continuo-Aussetzung und Edition. Amadeus, Winterthur 1986, ISMN979-0-01507080-8(Suche im DNB-Portal).
Kongressbericht des 3. Internationalen Musikwissenschaftsstudenten-Treffens. Zürich 1988.
Benedikt Reindl: Messe in Es, 1790. Continuo‑Aussetzung und Edition. cron, Luzern 1992.
Meinrad Schütter: Ausgewählte Lieder für mittlere Stimme und Klavier. Musikedition Nepomuk, Aarau 1992.
mit Andres Briner und Felix Meyer: Rudolf Kelterborn. Komponist, Musikdenker, Vermittler. Zytglogge, Bern 1993, ISBN 978-3-7296-0452-0.
mit Christoph Ballmer: Tradition und Innovation in der Musik. Festschrift für Ernst Lichtenhahn. Amadeus, Winterthur 1993.
mit Victor Ravizza und Annette Landau: Evaluation der Geisteswissenschaftlichen Forschung in der Schweiz. Grundlagenbericht für die Musikwissenschaft. Schweizerischer Wissenschaftsrat, Bern 1996.
mit Erica Benz, Michael Guggenheimer und Barbara Suthof: Chronologie der Orte 1990–1997 (= Festschrift Rosemarie Simmen). Pro Helvetia, Zürich 1997.
mit Michael Kunkel: Musik – Buchstaben – Musik. Kunst und Forschung an der Hochschule für Musik Basel. Pfau, Saarbrücken 2013, ISBN 978-3-89727-481-5.
mit Jean-Jacques Dünki und Anette Müller: Schumann interpretieren. Bericht des Symposiums Basel 11.–14.12.2010. studiopunkt, Sinzig 2014, ISBN 978-3-89564-155-8.
mit Marc Kilchenmann. Urs Peter Schneider: Konzeptuelle Musik, eine kommentierte Anthologie. aart verlag, Bern 2016, ISBN 978-3-9524749-0-7.
mit Andreas Marti: Der Kunst ausgesetzt. Beiträge des 5. Internationalen Kongresses für Kirchenmusik. Peter Lang, Bern u. a. 2017, ISBN 978-3-0343-2387-1.
mit Angelika Güsewell, Olivier Senn und Britta Sweers: Growing Up. Jazz in Europa 1960–1980 (= European Journal of Musicology Vol. 16/1). 2017, https://bop.unibe.ch/EJM/article/view/5774.
mit Simeon Thompson: «Als Schweizer bin in neutral». Othmar Schoecks Oper «Das Schloss Dürande» und ihr Umfeld. Edition Argus, Schliengen 2018, ISBN 978-3-931264-90-1.
Zurück zu Eichendorff! Zur Neufassung von Othmar Schoecks historisch belasteter Oper «Das Schloss Dürande». Chronos, Zürich 2018, ISBN 978-3-0340-1439-7.
mit Michaela Schäuble: Beiträge der Graduate School of the Arts II. Universität Bern 2018.
mit Daniel Allenbach: Rund um Beethoven. Interpretationsforschung heute. Edition Argus, Schliengen 2019, ISBN 978-3-931264-94-9.
Von der Fuge in Rot bis zur Zwitschermaschine. Paul Klee und die Musik. Schwabe, Basel 2020, ISBN 978-3-7965-4255-8.
mit Michaela Schäuble: Studies in the Arts – Neue Perspektiven auf Forschung über, in und durch Kunst und Design. transcript, Bielefeld 2021, ISBN 978-3-8376-5736-4 / ISBN 978-3-8394-5736-8.
mit Cristina Urchueguía und Hanna Ambühl-Baur: Studies in the Arts II – Künste, Design und Wissenschaft im Austausch. transcript, Bielefeld 2023, ISBN 978-3-8376-6954-1 / ISBN 978-3-8394-6954-5.
mit Thilo Hirsch und Marina Haiduk: Rabab, Rubeba, Rubāb. Fellbespannte Streichinstrumente im historischen und kulturellen Kontext. Ergon, Baden-Baden 2025, ISBN 978-3-9874022-9-6.
mit Doris Lanz: Im Brennpunkt der Entwicklungen. Der Schweizerische Tonkünstlerverein 1975–2017. Chronos, Zürich 2025, ISBN 978-3-0340-1819-7.
mit Hannah Ambühl-Baur: Studies in the Arts III. Was wissenschaft mit Kunst und Gesellschaft verbindet. transcript, Bielefeld 2026, ISBN 978-3-8376-8301-1 / ISBN 978-3-8394-7906-3.
↑Thomas Schacher: Blicke auf die Schweizer Musik. Wiederbelebung einer eingeschlafenen CD-Reihe. In: NZZ vom 4. Februar 1998, S. 45. (nzz.ch)
↑pd: Mehr Forschung in Bern. In: NZZ vom 10. Mai 2012, S. 46. (nzz.ch)
↑Alexander Sury: Forschen ohne weissen Laborkittel. In: Der Bund vom 26. August 2013, S. 27.
↑Home.In:KVS: Nationales Netzwerk Kulturvermittlung.Abgerufen am 28.Januar 2026.
↑Über SME.In:Schweizer Musikedition SME.Abgerufen am 28.Januar 2026.
↑Ronald Schenkel: Ein Doktoratsprogramm für die Künste. Die Universität Bern und die Hochschule der Künste erlauben FH-Absolventen die Promotion. In: NZZ, 29. September 2014, S. 47. (nzz.ch)
↑Thomas Gartmann / Christian Pauli (Hrsg.):Arts in Context – Kunst, Forschung, Gesellschaft. Transcript Verlag, Bielefeld 2020, ISBN 978-3-8376-5322-9 (transcript-verlag.de).
↑Thomas Gartmann: Bitte eine Oper ohne «Führer» Othmar Schoecks Eichendorff-Oper «Das Schloss Dürande» soll endlich vom Nazi-Ballast befreit werden. In: NZZ, 30. Mai 2018, S. 36. (nzz.ch)
↑Thomas Schacher: An dieser Oper bleibt ein brauner Fleck. NZZ, 14. März 2019, S. 38. (nzz.ch)
↑Thomas Schacher: Von Brunnen heim ins Reich? In Othmar Schoecks Geburtsort werden die prekären Hintergründe seiner Oper «Das Schloss Dürande» beleuchtet. In: NZZ, 15. September 2016, S. 42. (nzz.ch)