Nach freier Mitarbeit am Germanischen Nationalmuseum Nürnberg (2000 bis 2002) erhielt er ein Forschungsstipendium an der Herzog August Bibliothek Wolfenbüttel. Parallel dazu nahm er Lehraufträge an mehreren Universitäten wahr, darunter Berlin, Heidelberg, Trier und Düsseldorf, Osnabrück, Erlangen und Regensburg. Von 2001 bis 2003 war er wissenschaftlicher Kurator der Ausstellung „Albrecht Dürer: Das große Glück. Kunst im Zeichen des geistigen Aufbruchs“ in Osnabrück. Es folgten weitere kuratorische Projekte, darunter der „Der Kardinal. Albrecht von Brandenburg, Renaissancefürst und Mäzen“ bei der Stiftung Moritzburg – Kunstmuseum des Landes Sachsen-Anhalt.
2007 erhielt er ein Habilitationsstipendium des Historisch-Kulturwissenschaftlichen Forschungszentrum der Universität Trier. Im selben Jahr wurde er als Guest Curator an der Academy of Arts in Honolulu-Hawaii eingeladen.
Ab dem 1. August 2009 übernahm Schauerte die Leitung des Albrecht-Dürer-Hauses sowie der Graphischen Sammlung der Museen der Stadt Nürnberg. 2013 wurde er Gesamtleiter der neu gegründeten „Kunstsammlungen der Stadt Nürnberg“. Ab 2015 verantwortete er das Stadtmuseums Fembohaus.
Seit 1. April 2019 ist Thomas Schauerte Direktor der Museen der Stadt Aschaffenburg. 2021 wurde er zum 1. Vorsitzenden des Kirchnerhaus Vereins Aschaffenburg e.V. gewählt, der das Geburtshaus von Ernst Ludwig Kirchner als Gedenk- und Ausstellungsstätte betreibt.
Burg Pappenheim. Die Stammburg der Reichserbmarschälle des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation (Veröffentlichungen der Deutschen Burgenvereinigung, Reihe D: Europäische Burgen und Schlösser, Bd. 1; zugl. Beiträge zur Kultur und Geschichte von Haus und ehemaliger Herrschaft Pappenheim 1), 48 S., ISBN 3-927558-08-7, Braubach 1998
Matthäus von Pappenheim (1458–1541): Leben und Werk eines Augsburger Humanisten. Mit einer Transkription der Wolfenbütteler Habsburger-Genealogie von 1526 (Beiträge zur Kultur und Geschichte von Haus und ehemaliger Herrschaft Pappenheim 5), Treuchtlingen – Berlin 2009
Dürer: Das ferne Genie. Eine Biografie, Stuttgart (Philipp Reclam jr.) 2012
Das Albrecht-Dürer-Haus in Nürnberg (Großer Kunstführer Nr. 158), Regensburg (Schnell & Steiner) 2015
Dürer & Celtis. Die Nürnberger Poetenschule im Aufbruch, München (Klinkhardt & Biermann) 2015
Neuer Geist und neuer Glaube. Dürer als Zeitzeuge der Reformation, Petersberg (Michael Imhof Verlag) 2017
Albrecht Dürer (Beck Wissen, Bd. 2524), München (C. H. Beck) 2020
Herausgeberschaft
Mit Andreas Tacke: Der Kardinal. Albrecht von Brandenburg, Renaissancefürst und Mäzen, Kat.Ausst. Halle (Saale), Stiftung Moritzburg – Kunstmuseum des Landes Sachsen-Anhalt 2006, 2 Bde., hier: Bd. 1: Katalog, Regensburg 2006
Die Dürer-Sammlung der Konrad Liebmann-Stfitung. Ein Rückblick auf zwölf Jahre. Mit Beiträgen von Eva Berger, Thomas Döring, Christian von Heusinger, Dominik von König und Thomas Schauerte, Hannover 2008
Mit Jürgen Müller: Die gottlosen Maler von Nürnberg. Konvention und Subversion in der Druckgrafik der Beham-Brüder. Ausst.-Kat. Albrecht Dürer Haus Nürnberg, 31. März bis 3. Juli 2011 in Zusammenarbeit mit dem Sonderforschungsbereich 804 „Transzendenz und Gemeinsinn“. Edition Imorde, Emsdetten 2011, ISBN 978-3-942810-01-2.
Thomas Schauerte: Asamkirche München (= Kleine Kunstführer; 1277). Regensburg 2022
Thomas Schauerte: Ein Künstlerleben. Egid Quirin Asams Fassade seines Münchner Wohnhauses. In: Andreas Tacke, Thomas Schauerte, Danica Brenner (Hrsg.): Künstlerhäuser im Mittelalter und der Frühen Neuzeit / Artists’ Homes in the Middle Ages and the Early Modern Era (= artifex – Quellen und Studien zur Künstlersozialgeschichte, hrsg. von Andreas Tacke). Petersberg 2018, S. 303‒315;
Thomas Schauerte: Die Brüder Asam als Architekten ihrer Memoria. In: Dietrich Boschung, Julian Jachmann (Hrsg.): Selbstentwurf. Das Architektenhaus von der Renaissance bis zur Gegenwart (= Morphomata; 38). Paderborn 2018, S. 95‒116;
Thomas Schauerte: Die ‚Asamkirche‘ St. Johann Nepomuk in München und die Memoria des Egid Quirin Asam. In: Birgit Ulrike Münch, Marquard Herzog, Andreas Tacke (Hrsg.): Künstlergräber. Genese ‒ Typologie ‒ Intention ‒ Metamorphosen, Petersberg 2011, S. 185‒203.