Die Universal Protein Database, kurz UniProt, ist die größte bioinformatische Datenbank für Proteine aller Lebewesen und Viren, und enthält Informationen über die Proteinfunktion und -struktur sowie Links zu anderen themenrelevanten Datenbanken. Sie ist frei zugänglich.
Die Datenbank wird von einem Konsortium, das 2002 gebildet wurde, betrieben. Die Datenbank kombiniert Informationen aus drei zuvor getrennten Quellen:
Das EBI verfügt über eine große Quelle bioinformatischer Daten, das SIB beherbergt die Server des (ExPASy) (Expert Protein Analysis System), welche essentielle Informationen für die Proteomik bereitstellen. PIR leitet sich von der ältesten Proteinsequenzdatenbank (Margaret Oakley Dayhoffs Atlas of Protein sequence and structure) ab.
Jedes Mitglied des UniProt-Konsortiums pflegt die Datenbanken. Bis 2002 produzierten EBI und SIB zusammen Swiss-Prot und TrEMBL. Das PIR stellte die Datenbank PIR-PSD (Protein Sequence Database) zur Verfügung.
Swiss-Prot ist wohl die bekannteste Proteindatenbank auf Grund ihrer ausführlichen Querverweise, Literaturzitate, der Integration anderer Datenbanken und ihrer minimalen Redundanz. TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) ist eine Computer-annotierte Ergänzung der Swiss-Prot-Datenbank, die alle Übersetzungen von EMBL-Nukleotid-Einträgen enthält, die noch nicht in Swiss-Prot integriert vorliegen. Dies ermöglicht eine schnelle Datenbereitstellung.
UniProt beinhaltet drei Elemente, die auf einen bestimmten Gebrauch spezialisiert sind: