Er war zunächst Pfarrer in Stein AR und von 1939 bis zu seiner Pensionierung 1970 in Dällikon-Dänikon. 1940 wurde er zum Titularprofessor für Kirchengeschichte an der Universität Zürich ernannt. Seine Aufmerksamkeit als Kirchenhistoriker galt nicht zuletzt der Frömmigkeitsgeschichte, die seinerzeit von vielen Kollegen kaum beachtet wurde.
1955 gab Nigg seine Professur auf und widmete sich fortan ganz dem Schreiben. In den 1920er-Jahren war er dem Buch Frauen der Romantik der Schriftstellerin Margarete Susman begegnet, das eine damals neue, künstlerisch-literarische Biographik vertrat. Nigg übernahm diese Methode für seine eigene Arbeit. Die in Zürich lebende Susman wurde zur «Beraterin» und zur «Begleiterin seines literarischen Schaffens».
Nigg porträtierte in seinen Büchern viele bekannte und vergessene Gestalten – Heilige, Denker, Künstler und Ketzer – aus der Geschichte des Christentums. Indem er sich sein Leben lang mit dem katholischen Thema der Heiligen befasste, leistete er einen bedeutenden Beitrag im Rahmen der ökumenischen Annäherung der christlichen Konfessionen.
Seine persönliche Bibliothek ging an das Institut für Ökumenische Studien der Universität Freiburg (Schweiz), wo eine Forschungsstelle zu Leben und Werk Niggs besteht. Nigg hat die Arbeiten von Pavel Florenskij und Sergei Bulgakow bereits 1925 intensiv rezipiert. Er hat sich ausführlich mit der Schrift Aufrichtige Erzählungen eines russischen Pilgers in seinem Buch Des Pilgers Wiederkehr auseinandergesetzt, eine Schrift, die von zentraler Bedeutung auch für die Imjaslavie, der Verehrung des Namens Gottes-Bewegung in der russischen Orthodoxie zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde. Auf diese Weise trug Nigg mit zum ökumenischen Schwerpunkt der Schweizer katholischen wie reformierten Theologie bei. Diese Ökumene berücksichtigt auch die russische Orthodoxie.
Seine rund 50 Bücher erschienen seit 1927 in verschiedenen Verlagen der Schweiz und Deutschlands (u.a. Artemis Verlag, Walter Verlag) und sind heute grösstenteils vergriffen. Der Diogenes Verlag, Zürich, erwarb 1993 die Weltrechte und veröffentlicht noch heute Werke von Walter Nigg (u.a. «Grosse Heilige» und «Das Buch der Ketzer»).
Schriften
Das religiöse Moment bei Pestalozzi. De Gruyter, Berlin/Leipzig 1927.
Franz Overbeck. Versuch einer Würdigung. (Beck, München 1931). Römerhof Verlag, Zürich 2009.
Die Kirchengeschichtsschreibung. Grundzüge ihrer historischen Entwicklung. Beck, München 1934 (Diss. theol.)
Geschichte des religiösen Liberalismus. Entstehung, Blütezeit, Ausklang. Niehans, Zürich 1937.
Kirchliche Reaktion. Dargestellt an Michael Baumgartens Lebensschicksal. Haupt, Bern 1939.
Martin Bubers Weg in unserer Zeit. Haupt, Bern 1940.
Walter Seidel: Walter Nigg – ein Leben mit den Heiligen. In: Walter Nigg: Friedrich von Spee. Ein Jesuit kämpft gegen den Hexenwahn. Bonifatius, Paderborn 1991, S. 83–106, ISBN 3-87088-654-4.
↑Bernd Jaspert: Walter Nigg und die Kirchengeschichte. Verlag T. Bautz, Nordhausen 2017, S. 35–45.
↑ Bernhard Lang: Geschichten von Heiligen und Ketzern: Was die Theologie von Walter Nigg lernen könnte. In: Frankfurter Allgemeine Zeitung. 4. Juli 2017 (Der Artikel ist eine Rezension der Bücher von Bernd Jaspert und Uwe Wolff über Nigg aus dem Jahr 2017. Nigg habe über ein beachtliches kirchenhistorisches Programm verfügt.)
↑Uwe Wolff: „Das Geheimnis ist mein.“ Walter Nigg – Eine Biographie. Theologischer Verlag Zürich, 2009. S. 385 f.
↑Walter Nigg: Des Pilger Wiederkehr. Drei Variationen über ein Thema. Artemis Verlag, Zürich/Stuttgart 1954.