Von 1967 bis 1970 unternahm er mit Armin Mueller-Stahl Konzertreisen durch Europa und nach Afrika. Er trat unter anderem als Begleiter der Brecht-Interpretin Gisela May auf. Mehrere Rundfunk-, LP- und CD-Aufnahmen entstanden. Als Film-Komponist arbeitete er für die deutschen Serien Schauspielereien, Polizeiruf 110 und Der Staatsanwalt hat das Wort. Darüber hinaus ist er Tonschöpfer von Hörspielen (darunter auch viele Kinder- und Jugendhörspiele).
Pauli ist Herausgeber für Gitarrenmusik beim Verlag Neue Musik. Außerdem brachte er 1979 mit Adalbert Quadt die deutsche Fassung des Gitarren-Lexikons von Józef Powroźniak heraus.
1973: Wolfgang Müller: Drei Hände Wasser aus dem Fluß – Regie: Werner Grunow (Rundfunk der DDR)
1973: Hans Christian Andersen: Die wilden Schwäne / Der Schweinehirt (Gitarre und Gitarrensätze) – Regie: Edgar Kaufmann, Barbara Plensat (Kinderhörspiel – Litera)
1974: Kurt Steiniger: Beate Krüger – Regie: Werner Grunow (Rundfunk der DDR)
1978: Inge Meyer: Geld für eine Ehe (Tatbestand: Folge 11) – Regie: Werner Grunow (Kriminalhörspiel – Rundfunk der DDR)
1978: Michail Schatrow: Meine Nadjas – Meine Hoffnungen – Regie: Werner Grunow (Rundfunk der DDR)
1979: Ingeborg Feustel: Als Pittiplatsch den Regenbogenvogel fangen wollte – Regie: Jürgen Schmidt (kurzes Kinderhörspiel – Litera)
1979: Ingeborg Feustel: Als Pittiplatsch die Freche Lippe war – Regie: Jürgen Schmidt (kurzes Kinderhörspiel – Litera)
1979: Ingeborg Feustel: Als Pittiplatsch zum Knopfstern fliegen wollte – Regie: Jürgen Schmidt (kurzes Kinderhörspiel – Litera)
1979: Ingeborg Feustel: Das Flattergespenst in der Gartenlaube – Geschichten mit Pittiplatsch, Schnatterinchen und Moppi – Regie: Jürgen Schmidt (kurzes Kinderhörspiel – Litera)
1980: Ingeborg Feustel: Der Koboldsturm [gesprochen: Ko-bold-sturm] – Geschichten mit Pittiplatsch, Schnatterinchen und Moppi – Regie: Jürgen Schmidt (kurzes Kinderhörspiel – Litera)
1983: Gudrun Pausewang: Die Not der Familie Caldera oder Wieso Joselito nicht mehr Präsident werden will – Regie: Detlef Kurzweg (Rundfunk der DDR)
Schallplatten
(Quelle:)
1961: Werner Pauli (Gitarre): Meister Nadelöhr erzählt: Ein Sputnikmärchen (ETERNA/LITERA 5 60 048)
1963: Perry Friedman, Gesang und Banjo; Werner Pauli, Gitarre: John Henry; Ah, si mon moine; Turtle Dove; Every Night; Sofisticato; Bye and Bye (ETERNA – 530 073)
?: Sieglinde Goßmann (Mezzosopran) & Werner Pauli (Gitarre): Internationale Volkslieder (ETERNA – 8 35 102)
1968: Werner Pauli (Gitarre) & Gisela Pohl (Gesang): Die virtuose Gitarre (AMIGA – 8 50 136)
1973: Sonja Kehler (Gesang, Rezitation) & Werner Pauli (Gitarre): Monolog über die Liebe (LITERA – 8 65 191)
1974: Schallplatte für Vorschulkinder (Spielstücke von Kurt Schwaen) – mit Werner Pauli (Gitarre), Ernst Rentner (Akkordeon), Reinhold Krug (Alt-, Tenor-Blockflöte), Franz Witecki, Trompete u. a. (SCHOLA – 8 75 040)
1975: Lieder zum Musikhören (Musik für Vorschulkinder 5) – mit Werner Pauli (Gitarre), Harry Heinze (Klavier), Wolfgang Preissler (Tom-Tom), Franz Witecki, Trompete u. a. (SCHOLA – 8 75 058)
1977: Schallplatte für Vorschulkinder (Musik für Vorschulkinder 3) – mit Werner Pauli (Gitarre), Harry Heinze (Klavier, Akkordeon), Ernst Rentner (Akkordeon) u. a. (SCHOLA – 8 75 051)
1977: Rundfunk-Jugendchor Wernigerode (Dirigent Friedrich Krell): Das Lieben bringt groß' Freud' – Deutsche Volkslieder – mit Werner Pauli (Gitarre), Helmut Plischke (Flöte), Joachim Vogt (Tenor) u. a. (ETERNA – 8 35 063)
1983: Werner Pauli (Gitarre) u. v. a.: Ein Männlein steht im Walde – Kinderlieder und Kindergedichte (ETERNA – 8 35 038)
1983: Rundfunk-Jugendchor Wernigerode – Nun laßt uns fröhlich sein (Heitere Deutsche Volkslieder) – mit Werner Pauli (Gitarre), Jochen Süße (Flöte), Joachim Vogt (Tenor) u. a. (ETERNA – 8 35 096)
1988: Schlaf, Kindlein, Schlaf – Schlummerlieder für klein und groß: Rundfunk-Kinderchor Berlin (Dirigent Manfred Roost), Rundfunk-Jugendchor Wernigerode (Dirigent Friedrich Krell), Werner Pauli (Gitarre) (AMIGA – 8 45 346)
Literatur
Józef Powroźniak: Gitarren-Lexikon. Verlag Neue Musik, Berlin 1979, ISBN 978-3-7959-0354-1, S. 120.
Werner Pauli, Profile, nova giulianiad 7/85, S. 203 f.
Rainer Stelle: Berliner Gitarristen im 20. Jahrhundert. Ein Überblick. In: Die Gitarre im Aufbruch. Hrsg. von Jürgen Libbert. Musikverlag Ricordi, München 1994, ISBN 978-3-98030-902-8, S. 301 f.
Brita Rehsöft: Die Geschichte der Gitarrenmusik in der DDR. (Diplomarbeit, redigiert und mit Fotos/Noten illustriert von Rainer Stelle, vier Folgen). In: Zupfmusikmagazin. Jg. 1994, Nr. 4, S. 140–142, Jg. 1995, Nr. 1, S. 9–12, Jg. 1995, Nr. 2, S. 59–63, Jg. 1995, Nr. 3, S. 100–102. (Fachzeitschrift des Bundes Deutscher Zupfmusiker e. V.)