Wirthbacteria

„Ca. Wirthbacteria“ (GTDB: c__CG2-30-54-11) ist eine ursprünglich als Phylum (Abteilung) vorgeschlagene Klasse von Bakterien. Sie wurde – wie 2017 beschrieben – erstmals in einer Stichprobe aus dem Aquifer des Kaltwassergeysirs Crystal Geyser entdeckt (Spezies „Wirthibacter wanneri“). Diese Bakterien stehen in einer basalen Position zur CPR-Gruppe (Candidate Phyla Radiation, heute Phylum Minisyncoccota – in der GTDB „Patescibacteriota“). Ihre Zugehörigkeit zu dieser Gruppe wird diskutiert. In der GTDB gilt die Klasse als Mitglied, die Taxonomien der LPSN und des NCBI führen sie als eigenständiges Phylum „Candidatus Wirthibacterota“ (bzw. veraltet „Ca. Wirthibacteria“, sic!).

Die Withbakterien wurden durch Genomanalyse identifiziert und konnten bisher noch nicht kultiviert werden, haben daher Kandidatenstatus (Stand 1. März 2026). Sie weisen einige Merkmale wie die Mitglieder der CPR-Gruppe (Minisyncoccota) auf wie z. B. geringe Größe, fehlende Atmungsketten, reduzierter Stoffwechsel, niedrige Nukleotid- und Aminosäuresynthese usw., und stehen dieser Gruppe daher zumindest nahe. Die letzten drei genannten Merkmale erschweren die Kultivierung dieser Bakterien.

Systematik

Systematik der Withbakterien mit Stand 1. März 2026:

Klasse „Ca. Wirthbacteria“^(G°) [c__CG2-30-54-11^(G)] – früher Phylum „Ca. Wirthibacterota“ corrig. Hug et al. 2016 [„Ca. Wirthbacteria“ Hug et al. 2016]^(L°,N)

• Ordnung o__CG2-30-54-11^(G)
  • Familie f__CAISZI01^(G)
    • Gattung CAISZI01^(G)
      • Spezies CAISZI01 sp903889905^(G) [Ca. Wirthbacteria bacterium isolate AlinenLipids_bin-4622^(N,G)]
  • Familie f__CG2-30-54-11^(G)
    • Gattung „Ca. Wirthibacter“ Probst et al. 2017^(L) [CG2-30-54-11^(G)]
      • Spezies „Ca. Wirthibacter wanneri“ Probst et al. 2017^(L) [CG2-30-54-11 sp001873755^(G), Ca. Wirthbacteria bacterium CG2_30_54_11^(N,G)] mit Stamm CG2_30_54_11^(N,G) alias CG2_3.0^(L) (Typusart)
  • Familie f__JBAKQHK01^(G)
    • Gattung JAKQHK01^(G)
      • Spezies JAKQHK01 sp029573015^(G) [Bacterium isolate USDE_metabat.163_sub^(N,G), Bacterium isolate AMR_MDS_1116^(N,G)]

• Ordnung o__JBAXVQ01^(G)
  • Familie f__JBAXVQ01^(G)
    • Gattung JBAXVQ01^(G)
      • Spezies JBAXVQ01 sp037128935^(G) [Bacterium isolate ELA691^(N,G)]

• ohne Ordnungs-, Familien- und Gattungszuweisung

  • Spezies Ca. Wirthbacteria bacterium isolate SpSt-1205^(N,G)

• L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ),
• L° – verwaister LPSN-Eintrag (Taxon ohne ausgewiesene innere und äußere Systematik, aber ggf. Synonyme),
• N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI),
• G – Genome Taxonomy Database (GTDB),
• G° – GTDB (veralteter) Release 09-RS220

Etymologie

Die Bezeichnungen der höheren Taxa beziehen sich auf die Typusgattung „Ca. Wirthibacter“, die nach Prof. Reinhold Wirth von der Universität Regensburg benannt wurde, um seine Verdienste zur Erforschung der Chemoautotrophen und das Schwimmverhalten (als Fortbewegungsmethode) dieser Prokaryoten.

Einzelnachweise

1. 1 2 Alexander J. Probst, Cindy J. Castelle, Andrea Singh, Christopher T. Brown, Karthik Anantharaman, Itai Sharon, Laura A. Hug, David Burstein, Joanne B. Emerson, Brian C. Thomas, Jillian F. Banfield: Genomic resolution of a cold subsurface aquifer community provides metabolic insights for novel microbes adapted to high CO₂ concentrations. In: Environmental Microbiology, Band 19, Nr. 2, Februar 2017, S. 459–474; doi:10.1111/1462-2920.13362, PMID 27112493, eScholarship:400782gj, Epub 26. April 2016 (englisch).
2. 1 2 GTDB: c__CG2-30-54-11.
3. ↑ Mohamad Maatouk, Jean-Marc Rolain, Fadi Bittar: Using Genomics to Decipher the Enigmatic Properties and Survival Adaptation of Candidate Phyla Radiation. In: MDPI: Microorganisms, Band 11, Nr. 5, Special Issue New Methods in Microbial Research 3.0, 7. Mai 2023, S. 1231; doi:10.3390/microorganisms11051231 (englisch).
4. 1 2 3 4 LPSN: Name: "Candidatus Wirthibacterota" corrig. Hug et al. 2016.

   "Candidatus Wirthbacteria" Hug et al. 2016.

5. 1 2 NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Wirthbacteria. Details: Candidatus Wirthbacteria. Rank: phylum.
6. 1 2 Laura A. Hug, Brett J. Baker, Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Alexander J. Probst, Cindy J. Castelle, Cristina N. Butterfield, Alex W. Hernsdorf, Yuki Amano, Kotaro Ise, Yohey Suzuki, Natasha Dudek, David A. Relman, Kari M. Finstad, Ronald Amundson, Brian C. Thomas, Jillian F. Banfield: A new view of the tree of life. In: Nature Microbiology. Band 16048. Jahrgang, Nr. 5, April 2016, ResearchGate:301271772, S. 16048, doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48, PMID 27572647 (englisch). 
7. ↑ Benjamin J. Tully, Rohan Sachdeva, Elaina D. Graham, John F. Heidelberg: 290 Metagenome-assembled Genomes from the Mediterranean Sea: a re​source for marine microbiology. In: PeerJ, Band 5, 10. Juli 2017, S. e3558; doi:10.7717/peerj.3558, PMC 5507172 (freier Volltext), PMID 28713657 (englisch). Dazu:
   • 290 Metagenome-assembled Genomes from the Mediterranean Sea: Ongoing Effort to Generate Genomes from the Tara Oceans Dataset (Preprint auf bioRχiv vom 16. April 2016, Artikel 069484.)
8. ↑ Charlotte D. Vavourakis, Adrian-Stefan Andrei, Maliheh Mehrshad, Rohit Ghai, Dimitry Y. Sorokin, Gerard Muyzer: A metagenomics roadmap to the uncultured genome diversity in hypersaline soda lake sediments. In: Springer: Microbiome, Band 6, Nr. 168, 19. September 2018; doi:10.1186/s40168-018-0548-7 (englisch).
9. ↑ LPSN: Search taxonomy.
10. ↑ Genome Taxonomy Database (GTDB) Release 09-RS220
    • About. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch). 
    • bac120_r220.sp_labels Tree File. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024. 
    • Taxon History. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch). 
11. ↑ Vitaly V. Kadnikov, Andrey V. Mardanov, Alexey V. Beletsky, Olga V. Karnachuk, Nikolai V. Ravin: Microbial Life in the Deep Subsurface Aquifer Illuminated by Metagenomics. In: Frontiers in Microbiology, Sec. Extreme Microbiology, Band 11, 3. September 2020; doi:10.3389/fmicb.2020.572252 (englisch). Siehe insbes. Supplementary Table S1.