Der Name ist von der Burg Javier im Königreich Navarra abgeleitet, historisch auch Xabier oder Xavier geschrieben, dem Geburtsort und Herkunftsnamen des spanischen Heiligen Francisco de Xavier. Nach dessen Selig- und Heiligsprechung 1620/22 wurde der Name „Franciscus Xaverius“ als Taufname populär und mitunter zu Xaver(ius) verkürzt und in verschiedene Landessprachen übersetzt. In vielen Sprachen (so dem Englischen und Französischen) hat sich die an der spanischen Schreibung orientierte Namensform Xavier verbreitet; das moderne Spanisch verwendet die Schreibweise Javier. Da Franz Xaver wie Ignatius von Loyola ein typischer Heiliger der Gegenreformation ist, wurde der Vorname „(Franz) Xaver“ lange Zeit nur von Katholiken verwendet. Die weibliche Form lautet im Deutschen Xaveria, international häufiger Xaviera.
Der Name der Burg und der heute dazugehörigen Gemeinde ist baskischen Ursprungs (aus bask. etxe ‚Haus‘ und berri ‚neu‘; übersetzt also ‚Neuhaus‘).