
El agar MacConkey es un medio de cultivo selectivo y diferencial para bacterias diseñado para aislar selectivamente bacilos Gram negativos y entéricos (encontrados normalmente en el tracto intestinal) y diferenciarlos sobre la base de la fermentación de la lactosa. El cristal violeta y las sales biliares inhiben el crecimiento de organismos grampositivos, lo que permite la selección y el aislamiento de bacterias gramnegativas. Las bacterias entéricas que tienen la habilidad de fermentar lactosa pueden ser detectadas utilizando el carbohidrato lactosa y el indicador de pH rojo neutro.
Los ingredientes necesarios para este medio son los siguientes: sales biliares (medio inhóspito para el crecimiento de bacterias Gram positivas, excepto Enterococcus y algunas especies de Staphylococcus), colorante cristal violeta (inhóspito para cierto tipo de bacterias Gram-positivo), indicador rojo neutro (el cual marca microorganismos que fermenten la lactosa), lactosa, peptona y cloruro sódico.

Sirve como un indicador visual de pH, distinguiendo así las bacterias gram negativas que pueden fermentar la lactosa (Lac+) y las que no pueden (Lac-).
Al fermentar la lactosa del medio gracias a enzimas específicas como la lactasa, las bacterias Lactosa (+) como son la Escherichia coli, Enterobacter y Klebsiella producen ácidos, los cuales generan un aumento de iones H+. Como consecuencia, disminuye el pH del medio (<7,1 ± 0,2), el cual al acidificarse provoca el viraje de el indicador rojo neutro a su tonalidad rojo/fucsia, evidenciando de forma macroscópica el proceso de fermentación. Algunas bacterias en cambio fermentan la lactosa de manera lenta (fermentadores de lactosa tardíos), estas siguen siendo Lactosa (+), por ejemplo: Serratia y Citrobacter.
Bacterias que no fermenten la lactosa como lo son Salmonella, Proteus y Shigella utilizaran peptona en su lugar, formando amoníaco, lo cual incrementa el pH del agar, formando colonias blancas o incoloras.