Bonhoeffer es el apellido de una familia alemana.
Originaria de Nimega en los Países Bajos donde llevaba el nombre van den Boenhoff ( vom Bohnenhof), se establecieron hacia 1513 en Schwäbisch Hall. Eran artesanos, herreros, médicos, clérigos y retratos familiares de los señores pueden apreciarse en la iglesia de San Miguel.
Entre los miembros más prominentes de la familia:
- Karl Bonhoeffer (1868–1948), médico casado con Paula von Hase, padres de ocho hijos:
- Karl Friedrich Bonhoeffer (1899–1957), químico casado con Grete von Dohnanyi, hermana de Hans von Dohnanyi
- Martin Bonhoeffer (1935–1982), pedagogo hijo de Karl Friedrich Bonhoeffer
- Friedrich Bonhoeffer (* 1932), bioquímico del Max Planck-Institut für Entwicklungsbiologie e hijo de Karl Friedrich Bonhoeffer
- Thomas Bonhoeffer (* 1931), teólogo evangelista.
- Dietrich Bonhoeffer (1906–1945), teólogo y mártir de la resistencia antinazi, prometido de Maria von Wedemeyer
- Susanne Bonhoeffer (1909–1991), casada con Walter Dreß.
- Tobias Bonhoeffer (* 1960), director del Max Planck-Institut für Neurobiologie en Múnich.