En 1921, se fundó el Club Sparta en Santurce. Duró solo dos años, pero disputó 59 partidos y ganó 26 de ellos. En 1922, jugó contra el equipo inglés S. Andree y ganó 4-0. Ese mismo año, el Club Sparta también creó un equipo femenino.
En 1952, la directiva de la U. D. Amaya de Bilbao fundó el Club Deportivo Santurce. Comenzó jugando en la categoría regional y en 1961 ascendió a tercera división. Permaneció allí siete años. Sus mejores años fueron 1962-63 y 1963-64, cuando terminó cuarto y en el primero estuvo cerca de acceder a la fase de ascenso. Tras descender en 1968, jugó 14 años en la categoría regional, incluyendo solo un año en tercera división, 1975-76.
En 1982, ascendieron de nuevo a Tercera División y en la temporada 1983-84 se proclamaron campeones, pero no consiguieron el ascenso tras perder el play-off contra el Orense. Ascendieron a Segunda División B en la temporada 1988-89, donde volvieron a ser primeros de grupo. Los resultados en la nueva división fueron malos y descendieron en 1993. Tampoco tuvieron un buen desempeño en Tercera División y descendieron a la Liga Regional en 2000.
También jugaron en Tercera División entre 2006 y 2011. Fueron campeones de la División de Honor en la temporada 2013-14 y jugaron en Tercera División hasta su descenso en 2021. Ese año fue el centenario del club.En 2024 lograron de nuevo recuperar la Tercera Federación después de proclamarse campeón de la División de Honor.
Datos
Incluye la temporada 2024-25.
Temporadas en Primera División: 0
Temporadas en Segunda División: 0
Temporadas en Segunda División B: 4
Temporadas en Primera Federación: 0
Temporadas en Segunda Federación: 0
Temporadas en Tercera División: 22
Temporadas en Tercera Federación: 1
Mejor resultado: 12.º (Segunda División B, temporada 89-90)
Tercera Federación - Grupo IV 2026-27
