El Estado Mayor de la Armada (EMA). Es el principal órgano auxiliar de mando del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada (AJEMA), al que asiste en el ejercicio de sus competencias y en las responsabilidades que tiene asignadas, proporcionándole los elementos de juicio necesarios para fundamentar sus decisiones, traducir estas en órdenes y velar por su cumplimiento. Se articula en:
La Jefatura, formada por el Segundo Jefe del Estado Mayor de la Armada (2.º AJEMA) y sus órganos de apoyo personal.
La Secretaría General del Estado Mayor de la Armada, que es responsable del control de la organización y de la gestión de la información y el conocimiento de la Armada. Se encarga de la coordinación interna del EMA y de todos aquellos asuntos que no sean competencia específica de las otras divisiones.
La División de Planes, que es responsable, por un lado, del planeamiento global de la Armada a medio y largo plazo, de la coordinación y control general de los objetivos a alcanzar en cuanto a la preparación de la Fuerza y la gestión de los recursos; y, además, de la definición inicial, seguimiento y coordinación de los programas que de ellos se derivan.
La División de Logística, que es responsable de efectuar el seguimiento y coordinación de los programas de obtención a partir de su fase de ejecución; del seguimiento durante su fase de servicio, incluyendo el sostenimiento y la modernización hasta la baja de la unidad o sistema; y de la coordinación y control de las infraestructuras.
El Gabinete del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada, que es el órgano de apoyo inmediato al AJEMA, responsable del estudio, asesoramiento y trámite de los asuntos que competen a éste como autoridad militar, en sus relaciones institucionales, de comunicación social y de aquellos otros que no hayan sido atribuidos específicamente a otros órganos del Cuartel General.
Los Órganos de Apoyo a la Acción Orgánica (OA.AO.), dependientes orgánicamente del 2.º AJEMA, son responsables de proporcionar los servicios y apoyos transversales a la organización para facilitar su correcto funcionamiento. En su condición de órganos técnicos y ejecutivos, los OA.AO. apoyan al EMA en las materias que les competen. La Jefatura de Sistemas de la Información y Telecomunicaciones, que está integrada en estos Órganos de Apoyo a la Acción Orgánica, es el órgano encargado de gestionar y proporcionar los servicios relacionados con los Sistemas de la Información y Telecomunicaciones y Ciberdefensa en su ámbito de responsabilidad; y de supervisar la aplicación de la seguridad de la información.
La Jefatura de Servicios Generales y Asistencia Técnica. Los órganos de servicios generales son responsables del apoyo al funcionamiento del Cuartel General de la Armada y de otros organismos ubicados en Madrid, en áreas tales como la seguridad, infraestructura, asistencia sanitaria o mantenimiento. Los órganos de asistencia técnica son responsables de proporcionar a la Armada los servicios de publicaciones, sociología, normalización de materiales o investigación en el campo científico.
El Instituto de Historia y Cultura Naval. Tiene dependencia directa del AJEMA y funcional de la persona titular de la Secretaría General Técnica del Ministerio de Defensa en materia de su competencia. Es responsable de la protección, conservación, catalogación, investigación y divulgación de la historia naval y del patrimonio histórico, museográfico, cultural, documental y bibliográfico de la Armada. El Museo Naval forma parte del Instituto de Historia y Cultura Naval.
La Asesoría Jurídica de la Armada. Es el órgano consultivo y asesor, único en materia jurídica, del AJEMA y de aquellos otros órganos que éste determine. Dependerá orgánicamente del AJEMA y funcionalmente de la Asesoría Jurídica General de la Defensa.
El Tribunal Marítimo Central.Desempeña sus funciones con arreglo a lo establecido en la disposición transitoria primera de la Ley 14/2014, de 24 de julio, de Navegación Marítima, y se rige por las disposiciones del título II de la Ley 60/1962, de 24 de diciembre, por la que se regulan los auxilios, salvamentos, remolques, hallazgos y extracciones marítimos, que, en calidad de normas reglamentarias, continúan en vigor con arreglo a lo establecido en la disposición derogatoria única, párrafo f), de la mencionada Ley 14/2014, de 24 de julio, y por el Decreto 984/1967, de 20 de abril, por el que se aprueba el Reglamento para aplicación de la Ley 60/1962, de 24 de diciembre que regula los auxilios, salvamentos, remolques, hallazgos y extracciones marítimos.