Fue director del INDUROT (Instituto de Recursos Naturales y Ordenación del Territorio) de la Universidad de Oviedo entre 1997 y 2001.
Ocupó el cargo de Director Científico del Jardín Botánico de Gijón desde su creación hasta 2007.
Falleció repentinamente el 7 de noviembre de 2019 a los sesenta y nueve años en su domicilio.
Algunas publicaciones
J.A. Fernández Prieto (1978). Notas sobre la flora astur-leonesa. Rev. Fac. Cienc. Oviedo 17-19:303-308.
Díaz, TE y J.A. Fernández Prieto (1994). La vegetación de Asturias. Itinera Geobot. 8: 243-528
B. Jiménez-Alfaro, G. A. Bueno Sánchez y J. A. Fernández Prieto (2005). Ecología y conservación de Centaurium somedanum M. Laínz (Gentianaceae), planta endémica de la Cordillera Cantábrica (España). Pirineos 160.
Libros
1996. La Reserva Integral de Muniellos: flora y vegetación. Volumen 1 de Cuadernos de medio ambiente: Naturaleza. Ed. Principado de Asturias, Consejería de Agricultura. 206 pp. ISBN 8478474099, coedición junto, Álvaro Bueno Sánchez.
1997. Flora y vegetación de la ría de Villaviciosa. Volumen 2 de Cuadernos de medio ambiente: Naturaleza. Ed. Principado de Asturias, Consejería de Agricultura. 183 pp. ISBN 847847451X, coedición junto Álvaro Bueno Sánchez.
Tomás Emilio Díaz González, José Antonio Fernández Prieto, Antonio Vázquez. 2002. Paisaje vegetal del noroeste ibérico: el litoral y orquídeas silvestres del territorio. Colección Mayor. Ed. Trea. 302 pp.
2002. Curso de botánica. Volumen 1 de Trea ciencias. Ed. Trea. 574 pp. ISBN 8497041135, coedición con Tomás Emilio Díaz González y María del Carmen Fernández-Carvajal Álvarez.
Premio "Juan Uría" (XXIII Ed.), concedido por la Consejería de Cultura del Gobierno del Principado de Asturias, por el trabajo de investigación denominado «La expedición botánica a Asturias de Michel Charles Durieu de Maisonneuve en 1835».
La abreviatura «Fern.-Prieto o Fern.Prieto» se emplea para indicar a José Antonio Fernández Prieto como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.