Durante los años siguientes lideró una serie de excavaciones de yacimientos prehistóricos de la región. En 1992, fue nombrado inspector general de Arqueología del Ministerio de Cultura de Francia y en 1993 también como asesor científico de arte rupestre prehistórico en el Ministerio de Cultura francés. Se retiró oficialmente en 1999, pero sigue estando aun activo como colaborador de campo.
Cosquer y Chauvet
Clottes tuvo un papel destacado en el estudio de dos de las más famosas cuevas prehistóricas pintadas descubiertas hasta la fecha: la gruta Cosquer, bajo el agua, descubierta en 1985 en los acantilados en la costa cerca de Marsella, y la espectacular cueva de Chauvet, descubierta en 1994. La datación por radiocarbono reveló que las pinturas de Chauvet tienen aproximadamente 30000 a 32000 años, es decir son más de 2000 años más antiguas que las hermosas y sofisticadas pinturas rupestres más antiguas conocidas.
En 1994 se unió al antropólogo sudafricano David Lewis-Williams para estudiar arte prehistórico a la luz de los fenómenos conocidos neuropsicológicos asociados a tranceschamánicos. Juntos llegaron a la controvertida conclusión de que hay argumentos de peso para pensar que parte del arte prehistórico era producido en el contexto de las prácticas chamánicas.
Publicaciones
Una selección de sus publicaciones:
La grotte Cosquer: peintures et gravures de la caverne engloutie (en francés), junto a Jean Courtin, Seuil, 1994, ISBN 2-02-019820-7
Les Chamanes de la Préhistoire: transe et magie dans les grottes ornées (en francés) con David Lewis-Williams, ediciones de Seuil, 1996 ISBN2-02-028902-4, reedición, revisión y ampliación de: Suivi de Après "Les Chamanes", polémique et réponses , Seuil, 2007, ISBN 978-2-7578-0408-7
La plus belle histoire de l'homme. Comment la Terre devint humaine (en francés), André Langaney, Jean Guilaine, Dominique Simonnet, Jean Clottes, Seuil, 2000, ISBN 2-02-040345-5
La Préhistoire expliquée à mes petits-enfants (en francés), Seuil, 2002, ISBN 978-2-02-052687-6
Grotte Chauvet: l'art des origines (en francés), dirección de Jean Clottes; Maurice Arnold, Norbert Aujoulat, Dominique Baffier... [et al.], Seuil, 2010 ISBN978-2-02-102208-7
La France préhistorique, un essai d’histoire (en francés) bajo la dirección de Jean Clottes; contribuciones de Dominique Baffier, Michel Barbaza, François Bon ... [et al.], Gallimard, 2010, ISBN 978-2-07-039610-8.
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