Jon Flanagan puede referirse a:
- John Flanagan (atleta) (1873-1938), atleta tres veces campeón olímpico.
- John Flanagan (futbolista escocés) (1944-2013), futbolista británico que jugó para el St. Johnstone, Partick Thistle y Clyde
- Jon Flanagan (1993-), futbolista británico que juega para el Liverpool FC.