Ha sido internacional con la selección de fútbol de Corea del Sur, ha jugado 89 partidos internacionales y ha anotado 9 goles.
Lee fue pasando por las distintas catesorías inferiores de la República de Corea y participó en el Torneo Olímpico de Fútbol de Pekín 2008. De todas formas, ya había debutado como internacional absoluto en mayo de 2008, en un encuentro de clasificación para la Copa Mundial de la FIFA contra Jordania. Posteriormente, Lee fue parte del equipo surcoreano que disputó la Copa Mundial de Fútbol de 2010.